未发酵粪便，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情。
有机肥发酵原理
腐熟的猪粪有机肥一般需要两个阶段，即第一次高温堆肥腐熟发酵阶段和第二次陈化阶段。不稳定的有机物通过腐熟过程，通过微生物作用下，转化成稳定的腐殖质。其温度变化可以界定是否腐熟。
第二阶段：温度初见降低，氧气吸收率降低，臭味完全消失。相对于第一次堆肥腐熟来说，不能没有第二次堆肥，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物，嗜温微生物菌落重新建立，从而有助于有机肥腐熟、减少植物毒性物质和抑制病原菌。
第一阶段：通过配比原料基质，肥堆高氧吸收，产生高温，可降解挥发性固体大量减少，臭味逐渐降低，肥堆颜色逐渐变化，需保持良好的曝气和水分控制。
温度升高阶段：有机肥腐熟温度上升到45℃，主要以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖类和淀粉。甚至有源生物动物和动物参与。高温阶段：腐熟温度达到45℃以上，嗜温微生物被抑制，嗜热主导。可溶解的有机物继续被氧化分解，复杂的有机物（纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素）也开始被分解。50℃左右（嗜热真菌和放线菌）；60℃左右（嗜热细菌和放线菌）；70℃左右（大多微生物已经不能适应）。最佳腐熟温度为55℃，这是因为大多微生物在该温度最活跃，最易分解有机物，病菌、虫卵、杂草种子大多数会被杀死。降温降低阶段：嗜温微生物又开始大量繁殖，占据优势，对残余难分解的有机物作进一步分解。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，温度下降，肥堆逐渐趋于稳定。
有机肥发酵方法
厌氧发酵：在缺氧或无氧条件下,主要利用厌氧微生物进行的堆肥化过程。最终产物除腐殖质类有机物、二氧化碳和甲烷外，还有氨、硫化氢和其他有机酸等还原性物质。工艺简单、不需进行通风,但反应速率缓慢，堆肥化周期较长。
好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分、温度和通风的情况下，通过微生物将有机质转化为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇，反而有淡淡的泥土味。
有机肥发酵工艺
静态条垛堆肥：无需翻堆，能够确保堆体有效的达到高温和病原菌体灭活，缩短堆肥周期。
动态条垛堆肥：通过人工或机械定期翻堆，来确保堆体好氧状态。
反应器堆肥：在一个容器或几个容器进行，能够有效的控制温度，水分，从而监控堆肥发酵程度。
一、主要是由于微生物有益菌群不断的生存繁殖，使发酵过程中产生高温，在羊粪里添加农盛乐有机肥发酵剂可以快速启动发酵。
二、消灭病原微生物。
在农盛乐微生物菌剂处理鸡粪的过程中，温度可达60℃～70℃甚至更高，高温不仅使鸡粪等物料快速腐熟，而更重要的是能有效地杀灭其中病原微生物或病毒，其中50℃～70℃的堆温，持续6～7天，对虫卵和病原菌。即可达到很好的致死效果，如禽流感病毒，60℃～70℃高温数分钟便可致其死亡。
三、去除臭味。
在羊粪 中添加农盛乐微生物菌剂，可以有效祛除恶臭气体。这主要是由于微生物可以将不含氮、硫的有机物质如苯酚、羧酸、甲醛等被分解为CO2和H20；将含氮的有机物氨化为NH3，NH3可被亚硝化细菌氧化为NO2-，再进一步被硝化细菌氧化为N03-；含硫的恶臭物质经微生物分解释放出H2S，被硫氧化细菌氧化成为硫酸等，使污染物得以去除。
四、酶活性变化。
羊粪鸽粪堆积发酵过程中的一切生物化学过程都是在酶的参与下进行的，酶活性大小反映了有机物料堆制中各种生物化学过程的强度。接种农盛乐微生物菌剂的鸡粪堆肥，由于农盛乐微生物菌剂中含有许多会产生纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶和过氧化氢酶等酶的微生物。因此，其各种酶活性显着高于自然堆制。
五：羊粪鸽粪粪便发酵后的用途
1、可以用来养殖鱼虾，不污染水质，既可以作为鱼虾饲料，又可以作肥水产品；
2、可以用来养殖黄粉虫、蝇蛆、蚯蚓建立生态养殖模式；
3、可以制作种植、花卉等生物有机肥。
4、粪便发酵做有机肥料能增强农作物抗病能力。有机物料在肥料发酵剂类产品发酵处理过程中，伴随着微生物的大量快速繁殖和一系列复杂的生化反应过程，微生物在繁殖过程中会产生大量的代谢物质（如酶、激素、抗生素，这些物质是生物体本身自然所产生的，不是外来的化学激素抗生素，只有好处而无任何毒副作用），其中激素可刺激作物快速生长发育；而抗生素则能明显抑制土传病菌的传播，提高作物抗病、抗逆性能。而不发酵处理的粗制有机肥不但没有这些优点，反而由于其自身带有致病菌，成为传播作物病害的主要传染源。所以说肥料发酵剂这些产品发酵处理后具有很好的抗病作用，是值得推荐的好方法，节约农药成本提高经济效益。
5、做生物饲料，可以饲喂猪牛羊等畜禽。发酵好的生物饲料具有醇香和果香气味，并具有弱酸味，动物非常爱吃。
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