原因是明朝统治阶级内部争夺帝位的战争。“靖”指平息，扫平，清除，“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思，又称靖难之变。
由于靖难之役时，京中宦官提供的情报帮助成祖击败惠帝，成祖即位后便改变太祖以来禁止宦官干政的政策，开始重用宦官。一方面，明朝出现了郑和等著名的优秀宦官，下西洋宣扬国威；另一方面，由于司礼监、东厂等宦官掌权的部门地位提高。
建文元年七月初五（1399年8月6日），明太祖第四子燕王朱棣与明太祖第十七子朱权（实则由燕王作最高领导，而宁王是被迫加入）为首的藩王共同反叛侄儿建文帝朱允炆，战争持续近三年。建文帝缺乏谋略，任用主帅不当，致使主力不断被歼。燕以燕京（今北京）为基地，适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭朝廷军队主力。
最后乘胜进军，于建文四年六月十三（1402年7月13日）攻下帝都应天府（今江苏南京）。建文帝失踪后下落不明，朱棣登基为永乐皇帝。
“靖难”遗训：
明太祖朱元璋不仅分封诸子为藩王，而且在其成法中有一条是关于“靖难”的。朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》中说：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。”
后来的朱棣即以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”，即靖祸难之意。故而靖难之役中朱棣的口号是“清君侧，靖国难”。
这其中，“靖难”的意思：“靖”指平息，扫平，清除。“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。不过太祖的成法里面还有一条就是皇帝先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京。所以这不过是朱棣想要夺取皇位的一个借口而已。
以上内容参考百度百科-靖难之役
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