首先跟玄武门之变有很大的关系，当时李世民发动玄武门之变的时候，他这边基本上所有的手下都是支持他这个决定的，并且大部分都参与了这次政变，但是秦琼这个时候并没有选择冲在最前方，而是选择保持中立的态度，就是不参与也不反对，他的这种做法可以说让李世民非常的不爽。
虽说前期那么多场战争都过来了，但是在这种最关键的时刻，哪个君王不想自己的手下能和自己共进退，但是秦琼掉链子，有可能他是觉得这种做法是不道德的，但是又没有能力改变，只能选择保持中立。
但是这么一做也在变相的给李世民传递一个信号，我们不是一个战线上面的，毕竟如果这次行动失败的话，有可能会被对方一举歼灭。所以在李世民登上皇位以后，对秦琼是不怎么待见的，跟尉迟恭的待遇相比，可以说是天差地别，毕竟尉迟恭可是一个敢为了自己冲锋陷阵的人，甚至不顾自己的性命冲到了李渊的面前去逼宫。
其次就是那个时候秦琼的年纪也大了，也不可能再为李世民立下什么汗马功劳，所以给他一个三品官，相当于让他在朝廷当中养老。特别对于古代的帝王来说，他们最看重的还是你身上的价值，如果一旦没有利用价值，有可能会把你抛弃。
像李世民的这种做法还是比较好的，如果李世民的性格要像朱元璋那样，我觉得秦琼有可能都活不到李世民登基，毕竟他的这种做法从某种意义上来说也相当于背叛了。
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