南京南站目前有三条地铁线路供选择，分别是：
南京地铁一号线，迈皋桥（5:42-23:20）到中国药科大学（5:47-23:27） 票价： 2-6元（IC卡通用），换乘站点：南京站（3号线）、新街口（2号线）、安德门（10号线）、南京南站（3号线、S1号线）
2.南京地铁3号线，林场（06:00-23:00）到江宁秣周东路（06:00-23:00 ）票价：2-7元（IC卡通用），换乘站点：泰冯路（S8号线）、南京站（1号线）、大行宫（2号线）、南京南站（1号线、S1号线）
3.南京地铁S1机场线，南京南站（6:00-22:00）到禄口机场（6:40-22:00 ）票价：2-6元（IC卡通用）
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