在职场中遇到这种情况，可以考虑以下两种做法：
1. 提前跟对方沟通：在删除条款之前，可以先与合作单位进行沟通，说明公司的审批流程需要删除一些条款，并征求对方的意见。这样可以保持透明和良好的合作关系，以及避免产生误解和不必要的麻烦。根据对方的回应，可以协商是否进行修改或找到双方都能接受的解决方案。
2. 待流程走完再沟通：如果已经进入审批流程，你可以等待流程走完，看最终是否能够通过审批。如果审批未通过，再与合作单位沟通，说明情况并提供新的协议。这样做的好处是，如果审批通过，则不需要多余的沟通和协商；如果审批未通过，则可以提供新的协议来尽快解决问题。
无论选择哪种做法，建议在与合作单位沟通时保持积极、诚实和透明的态度。尽量寻求双方的合作和理解，以达成共识。如果有需要，可以寻求上级或者法务部门的支持和建议。
最重要的是，保持良好的沟通和合作关系，在解决问题的过程中尽量避免产生负面影响，以实现共同利益和长期合作关系。祝您在职场中顺利解决困惑，取得成功！
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