明孝陵同其他皇陵一样，陵宫平面十分规整，中轴对称，气势恢宏，然而它的神道蜿蜒曲折，一改历代帝王陵墓平铺直叙的庸常格局，显示出不拘成式、依山抱水、顺乎自然的理念。陵寝位于京城城墙和外廓之间，成为大明都城的重要组成部分。它在设计中大胆突破了唐宋帝陵为上下宫的传统模式，实行了“前朝后寝”和阳间三进院落制度，既突出了皇权观念，又合于儒家的礼制秩序，同时又给这些地理地形特征赋予了很深的传统文化内涵。明孝陵在中国封建社会后期帝陵制度上具有开创性的意义，是中国帝陵发展史上一座重要的里程碑。
据史料记载，明孝陵自洪武九年(1376年)筹建，十三年正式选定陵址，十四年开始动工修建，征用10万民夫和数不清的能工巧匠。工程进行不到一年，也就是洪武十五年(1382)八月，马皇后病死，即葬于此。因其谥号孝慈，九月，朱元璋便“命所葬山陵为孝陵”。也有人认为，朱元璋定其阴宅为“孝陵”，主要是“以孝治天下”之意。洪武三十一年(1398)闰五月，朱元璋驾崩，与马皇后合葬一处。永乐三年(1405)，明成祖朱棣为他父亲在此建立“大明孝陵神功圣德碑”，至此，明孝陵的所有工程才算告竣，历时长达25年之久。