1、截止2020年10月份上海交通大学附属医院一共有13家（其中8所综合性医院、5所专科性附属医院）。如上海交通大学附属新华医院，医院创建于1958年。是新中国成立以来上海自行设计建设的首家综合性医院。
2、上海交通大学附属瑞金医院。该医院始建建于1907 年，原名广慈医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院。
3、上海交通大学附属仁济医院。始建于1844年，是上海开埠后第一所西医医院。医院目前由东西南北四个院区和上海市肿瘤研究所组成，是一个学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。
4、上海交通大学附属第九人民医院，创建于1920年。其前身为上海市第九人民医院，期间经过几次更名与整合于2015年10月整建制并入上海交通大学附属第九人民医院。
5、上海交通大学附属第六人民医院，具体地址位于上海市宜山路600号。上海市第六人民医院始建于1904年，2002年成为上海交通大学附属医院，是一所三级甲等综合性教学医院。
6、上海交通大学附属上海儿童医学中心，该医院是由上海市人民政府与世界健康基金会（Project HOPE）合作共建的一所集医、教、研于一体的三级甲等儿童专科医院。
7、上海交通大学附属儿童医院，前身是由我国儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院。1953年更名为上海市儿童医院，是我国第一家儿童专科医院。2003年成为上海交通大学附属儿童医院。
8、上海交通大学附属胸科医院。创建于1957年，为我国最早建立的集医疗、教学、科研为一体的，以诊治心、肺、食管、气管、纵隔疾病为主的三级甲等专科医院。
9、上海交通大学附属精神卫生中心。该医院始建于1935年，前身为上海普慈疗养院，现已成为上海市三级甲等精神卫生专科医院。
10、上海交通大学附属同仁医院。上海交通大学附属同仁医院成立于1866年，是上海开埠以来最早的西医医院之一。
11、上海交通大学附属九龙医院。上海交通大学医学院附属苏州九龙医院是香港九龙集团投资兴建，并与上海交通大学医学院合作管理的三级甲等综合医院。
12、上海交通大学附属国际和平妇幼保健院。该医院始由国家名誉主席宋庆龄先生于1952年亲自创办，是一所三级甲等妇产科专科和妇幼保健医院，是集医疗、保健、教学和科研为一体的上海交通大学医学院附属医院。
13、上海交通大学附属第一人民医院。始建于1864年3月1日，1877年更名公济医院，1981年挂牌上海市红十字医院，1992年成为全国首批三级甲等综合性医院。2002年成为上海交通大学附属第一人民医院。
参考资料来源：上海交通大学医学院-附属医院
儿童医学院中心、胸科医院、精神卫生中心，这些是专科医院；
市三，三乙综合医院；
上海医学遗传学研究所、上海肿瘤研究所，这两个是附属大型医学研究机构。