对违法占用耕地建厂的处罚。辖区国土资源局应当对违法占地立案查处，作出了行政处罚，情节严重的，应当移送公安机关追究刑事责任。
1、下达《违法建筑通知单》。
通知单可以是国土资源局局、公安局、规划局等多个部门联合下发，责令违法建筑在法定期限内自行拆除，否则强制拆除。
2、依据法定的处罚标准，处以罚款：
可以按照非法占用土地每平方米罚款30元的标准进行处罚。
3、刑事立案标准：
根据《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第三条规定，违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，依照《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，以非法占用耕地罪定罪处罚：
（一）非法占用耕地“数量较大”，是指非法占用基本农田5亩以上，或者非法占用基本农田以外的耕地10亩以上；
（二）非法占用耕地“造成耕地大量毁坏”，是指行为人非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成基本农田5亩以上或者基本农田以外的耕地10亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。
4、刑法规定的处罚标准：
《刑法》第342条规定：违反上地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并据处或者单处罚金。
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