补充协议是否有效一般要明确约定，如下：
1、如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准；
2、原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。补充合同的效力优于主合同的效力。
补充协议的效力是什么
补充协议的效力是：
1、签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意：
（1）双方当事人的基本信息需全面具体；
（2）说明拟定补充协议的原因；
（3）协议补充的内容或变更的内容。
2、补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定
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