1、加强规划与水电建设项目的环境管理
水电建设规划不仅要关注资源开发布局、规模、结构、方式及开发时序等技术经济开发条件，还要考虑流域和区域的
生态保护与生态建设需求，要给生态环境保护留出必要河段和水量，河流水电动能经济规划要向“绿色”规划方向发展。梯级电站建设应做好珍稀动、植物保护，尽量避开水生生物泪游、产卵场所及珍稀动、植物分布密集区域和人口稠密地区，严格控制阻断洄游通道的项目。新的河流水电开发规划或原有规划修编时，应按《
环境影响评价法》要求开展流域和
区域规划的环境影响评价，协调水电水利开发与生态保护的矛盾，做到资源开发与生态保护的协调持续发展。其他做过规划目前还未修编的，应创造条件，前期开展流域环境影响研究工作。应严格执行项目环境影响评价与“
三同时”的环境
管理制度。有重要
环境问题，而又无有效对策措施的项目不得建设或缓建；对具有长期累积性、潜在性环境影响的水坝建设项目，应在项目建成营运后进行环境影响的后评价工作。
2、做好水坝建设涉及的生物多样性保护工作
对于受影响的珍稀濒危动植物，要根据其生存的
自然环境状况和分布情况，采取迁地保护措施。对一些具有涧游特性的珍稀濒危和特有水生动物在工程建设中应按法律规定建设洞游通道、增殖放流、异地建立保护区或保护河段及模拟创造人工生态环境等措施。在确保上述措施的有效性的基础上，项目方可建设。禁止在自然保护区核心区、对自然保护区、风景名胜区及森林公园等产生影响的应采取必要生态恢复治理与补偿措施。
3、优化工程设计，预防或减少水土流失
工程规划中，要结合生态水利的理念，综合考虑
地形地貌、工程地质、水文地质等条件及自然环境，合理选定工程建设方案，尽量减少工程建设对自然地貌的破坏。通过不断优化工程设计，把对区域景观及生态的破坏降到最低水平。不占或少占农田，节约资源。合理调配土石方，尽量做到填挖平衡，减少弃渣量。
4、优化水电站的运行管理
要根据用电、用水和生态环境等方面的要求，研究制定电站优化运行方式，最大限度地减轻对水环境的影响。对于引水式电站，须对下游生态需水量做出合理估计，在确保下泄一定的生态基本流量的基础上运行，同时进行调水调沙，增加下游河床的泥沙含量，保护鱼类等水生生物的生存、生殖环境。另外要根据当地生产、生活及景观需水的要求，统筹考虑经济、社会和环境效益，以确定适当的径流量。
5、加强大坝建设环境影响评价工作
在开发建设中，应对拟建大坝所引起的自然生态，社会生态和环境的价值变化进行评判和预计评价，把对环境的不利影响减少到最低程度，最大限度地发挥工程的整体效益。
（a）环境影响评价应加强环境影响的经济评价。工程引起的环境条件，环境质量，资源利用条件的变化等必定会影响到经济开发的难易程度、开发成本的高低、开发进程的快慢、开发效益的大小，因此，工程引起的资源和环境的变化，应作为人类社会经济发展的成本因素加以评价。大坝会引起广泛的生态与环境的变化，对其有利影响，如何发挥其更大的
经济效益，对其不利影响，如何进行投资治理，投资治理后能达到什么样的环境状况，产生什么样的治理效果，应进行认真研究。只有这样，才能确定好投资目标、投资方向、
投资项目和投资区域，达到优化的投资效果。
(b）环境影响评价应进行长期跟踪评价。通常环境影响评价以工程通过可行性论证为终点。然而，大坝对生态与环境的影响是长期的、潜在的、特别是关于河口生态、库区生态、水生生态系统的结构、功能和效益的变化，只有经过长期的监测、观察和研究，才能逐步找出其规律。因而，水利工程引起的环境问题与工程寿命同步，不能以做出评价为目标，而应将生态与环境效益作为工程的长远效益和目标来考虑。