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内部审计与注册会计师审计都是现代审计体系的组成部分。注册会计师审计为了提高审计效率往往需要借助内部审计，而内部审计部门也经常要求注册会计师提供管理建议书。但注册会计师审计与内部审计有很大区别：
①审计独立性不同。内部审计受本部门、本单位直接领导，仅仅强调与其他职能部门相对独立，与双向独立的注册会计师审计不可同日而语。
②审计方式不同。内部审计根据本部门、本革位经营管理的需要自觉施行、而注册会计师审计则是受托进行。
③审计内容和目的不同。内部审计的内容主要是审查各项内部控制制度的执行情况、提出各项改进措施；而注册会计师审计依据独立审计准则，主要围绕会计报表进行，是对审计后的会计报表发表审计意见。
④审计职责和作用不同。内部审计的结果只对本部门、本单位负责，对外不起鉴证作用。并向外界保密；而注册会计师审计需要对投资者、债权人以及社会公众负责，对外出具的审计报告具有鉴证作用。
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