与威廉·戈德温
追随着伊姆利，沃斯通克拉夫特在1795年4月回到了伦敦，但却遭到了他的拒绝。1795年5月，她企图自杀（可能使用了鸦片酊），不过伊姆利及时地救回了她的性命（但这一点在现今依然不是很明了）。在最后一次试图赢回伊姆利的尝试中，沃斯通克拉夫特甚至前往斯堪的纳维亚替他进行生意谈判，以努力弥补他的一些损失。在这趟冒险的旅程里，沃斯通克拉夫特只带上了年幼的女儿和一名女仆。在写给伊姆利的信件中，她详细地描述了她的旅行以及思考，这些信件的绝大部分后来都被整理成册，并出版在了《瑞典、挪威和丹麦短居书简》（1796年）中。当沃斯通克拉夫特回到英国后，她总算意识到自己与伊姆利的关系已彻底结束了；于是她再次企图自杀，并给伊姆利留下了这一段话：
让我的罪恶与我一起长眠吧！很快，非常快，我便将永远地安宁了。当你看到这段话，我那燃烧的头颅将会十分冰冷……我将投入那泰晤士河，让人们无法把我从自寻死路中拯救出来。愿上帝保佑你！令你永远都无法感受到你对我造成的伤害。让你的感性被永久地唤醒，让懊悔直达你的心际；并让你被生意和肉欲带来的快感所困扰，让我出现在你的面前，成为你背离正直的牺牲品。
詹姆斯·诺思科特：《威廉·戈德温》，帆布油画，1802年，现藏于英国国家肖像馆她在一个下雨的夜晚出了门，在“让她的衣服被雨淋透，并来来回回地徘徊了约摸半个小时”后，她纵身跳入了泰晤士河里，但却被一位陌生人发现并救起。沃斯通克拉夫特曾在理性上仔细考虑了她的自杀行为，并在获救后写成文字：“当死亡的阴影过去，当我被毫无人道地拉回人世间的痛苦时，我只有选择悲伤。但坚定的决心绝不会为失望所阻扰；而我在理性下选择的这一冷静行为，也绝不会发展成为疯狂的尝试。在此方面，我只对自己负责。我并不在意什么名声，在其他情况下我一样会被羞辱。”
渐渐地，沃斯通克拉夫特重新回到了她的写作生活中去，并进入了约瑟夫·约翰逊的小圈子里，还结识了玛丽·海斯、伊丽莎白·英奇博尔德与萨拉·西登斯等人。威廉·戈德温与沃斯通克拉夫特的爱情像是一场漫长的长跑，但最后终于结出了美满的果实。戈德温在阅读了她的《瑞典、挪威和丹麦短居书简》后，他写下了这段话：“如果曾有一本书，能让一个男人爱上它的作者，对我来说便是这本书了。她讲述了她的悲伤，让我们充满了忧郁，并感动得为之动容；与此同时，她还展现出了能让我们由衷钦佩她的天赋。”当沃斯通克拉夫特再次怀孕后，他们决定结婚以让他们的孩子有个合法的名分。他们的结合揭示出了沃斯通克拉夫特从未与伊姆利结婚的事实，并导致她与戈德温失掉了许多朋友。戈德温也遭受了大量的批评，因为他曾在其哲学文集《政治正义》（Political Justice）中鼓吹废除婚姻制度。1797年3月29日，他们正式结婚，然后搬到了位于南安普敦波利根区的两间毗连的房屋中，以维续他们的独立生活；他们通常会经过信件进行交流。尽管在不久后，这段生活便会悲剧般地结束，但不可否认，他们在这段时期的生活是幸福美满的，他们的关系亦是十分稳定的。
吉尔伯特·伊姆利
1792年8月10日，巴黎市民攻占爱丽舍宫，法国大革命进一步展开1792年12月，沃斯通克拉夫特离开伦敦，并在路易十六被处决前的大约一个月时抵达巴黎。当时，整个法国已经陷入了混乱。她结识了不少如海伦·威廉斯一样旅居巴黎的英国人，并加入了他们的小圈子。在完成《女权》一书后不久，沃斯通克拉夫特便决定将她的想法付诸试验。在法国大革命所营造的理性气氛中，沃斯通克拉夫特进行了一场实验性质的恋爱：她在法国结识了一位美国冒险家吉尔伯特·伊姆利，并与他陷入热恋之中。尽管伊姆利并不愿与她结婚——无论她的意愿如何，但从表面上来看，沃斯通克拉夫特已经彻底地爱上了这个她心目中的完美男人。而且，虽然沃斯通克拉夫特在她的《女权》一书中极力抵制男女的性关系，但伊姆利显然唤醒了她对性的激情与兴趣。不久后，沃斯通克拉夫特便怀孕了，并在1794年5月14日产下了她的第一个女儿范妮：用她最亲近的朋友的名字来命名。有了第一个女儿让沃斯通克拉夫特大喜过望，在给她朋友的信件中，她写道：“我的小女孩吸吮得是那么用力，以致她的父亲甚至指望由她来完成《女权》的第二部分”（粗体部分为沃斯通克拉夫特自己所强调）。尽管要承担在国外独自抚育女儿的责任，且其身处法国大革命日趋混乱的局势下，沃斯通克拉夫特依然十分频繁地给她的朋友们写信。在居住于法国北部的勒阿弗尔时，她写就了一本描述早期大革命的史书：《法国大革命起源和进展的历史观和道德观》（Historical and Moral View of the Origin and Progress of the French Revolution），这本书于1794年12月在伦敦出版。
随着政治形势的恶化，英国在不久后便向法国宣战，这让旅居法国的英国公民陷入了极度的危险中。为了保护沃斯通克拉夫特，尽管他们并没有结婚，伊姆利在1793年仍然将她注册为了他的妻子。可是，沃斯通克拉夫特的一些朋友却没有这么幸运；许多像托马斯·潘恩这样的英国人都被当局逮捕，有一部分人甚至被处决（在当时，沃斯通克拉夫特的妹妹们也以为她已被当局所拘押）。另外，在沃斯通克拉夫特离开法国后，为了让其女儿拥有合法性，她在各种场合仍以伊姆利夫人自称——即使在她的妹妹前。
出于对沃斯通克拉夫特的一些不满，伊姆利最终离开了她。他曾向沃斯通克拉夫特许诺说，他会在小孩诞生的时候回到勒阿弗尔；但是，当伊姆利许久不归，甚至连一封信也不寄回来时，她终于意识到他已经有了另一个女人。沃斯通克拉夫特在写给伊姆利的信里苦苦地哀求他；如同大部分评论家所描述的那样，她用极度悲哀的措辞（以及在大革命中独自抚育一个婴孩的苦境）来向他解释。
去世与戈德温的回忆录
戈德温：《女权辩护作者传》（1798年）1797年8月30日，沃斯通克拉夫特生下了第二个女儿玛丽。虽然最初的分娩过程看起来十分顺利，但生产后残留下来的胎盘组织却导致了感染：这在18世纪是十分常见的事。在忍受了几日巨大的痛苦后，沃斯通克拉夫特于9月10日因败血症死亡。戈德温被这突如其来的灾难打垮了，他在给他的朋友托马斯·霍尔克罗夫特的信件中写道：“我坚信这个世界上并不存在她的平等。我从我们为让对方快乐而改变自己的经历中感受到了这一点。我现在对快乐已全然不报任何希望了。”她被葬在了圣潘克拉斯旧教堂的墓地里，并在该处为她树立了一座纪念碑；在戈德温死后，他俩的遗体被合葬在了伯恩茅斯。她的墓碑上写着：“玛丽·沃斯通克拉夫特·戈德温，《女权辩护》的作者：生于1759年4月27日：亡于1797年9月10日。”
1798年1月，戈德温出版了他的《女权辩护作者传》。尽管戈德温的是带着爱意与同情心展现出沃斯通克拉夫特的真实一面的，但许多读者却为他透露出的内容感到震惊：她的私生女、她的恋爱以及她曾打算自杀的企图。浪漫主义诗人骚塞谴责戈德温“享受着把他死去的妻子剥个精光的快感”；另外，还出现了《The Unsex'd Females》这样的恶意讽刺的作品。在戈德温的回忆录中，沃斯通克拉夫特被描述成一个深陷感性之中而需要用他的理性来平衡的人；此外，与她个人的作品相比，戈德温还夸大了她在宗教上的怀疑主义。戈德温对沃斯通克拉夫特的描述影响了整个十九世纪对她的看法，在当时的一些诗作中也体现出了这一点，譬如英国诗人罗伯特·勃朗宁的《沃斯通克拉夫特与菲斯利》（Wollstonecraft and Fuseli）一诗：
你的一生都命运坎坷
从女儿、姐姐、母亲、朋友到妻子；
坎坷的命运陪伴你至死亡呵，
再让戈德温这铁石心肠的人来哀悼你。
