3次。
1、公元1690年，康熙御驾亲征，发兵平定噶尔丹。大清军队兵分两路，左路由抚远大将军福全率领，出击古北口；右路由安北大将军常宁率领，进军西峰口；康熙帝中军督阵。
战争伊始，噶尔丹兵长驱直入，兵锋甚利，一直打到了距北京仅七百多里的乌兰布通，并击败了西征军的前锋。康熙帝震怒，命抚远大将军福全率左路军全线反攻，用红衣大炮轰开驼城缺口，数万铁骑杀入敌阵，大败噶尔丹。噶尔丹一看不是对手，佯装言和，带着残兵败将逃到漠北去了。
2、公元1694年，康熙为平息蒙古战乱，约噶尓丹会订立和约。谁知他不仅不来，还煽动漠南蒙古叛乱，利用沙俄对付清军。
3、公元1696年康熙帝再次亲征，兵分三路大军进攻。噶尔丹连连惨败，撤退到昭英多时又遭遇重创，仅带着身边的几十个人仓惶逃命。随后，康熙皇帝派人前去劝噶尔丹投降，但是他负隅顽抗，死不改悔。
第二年，康熙皇帝第三次亲征噶尔丹，所到之处，叛军纷纷偃旗息鼓，自动归降，噶尔丹山穷水尽，走投无路，最后服毒自尽。自此，阿尔泰以东的广大地区重新回归到清朝的控制之下。
扩展资料：
噶尔丹兵败身亡：
1697年（康熙三十六年）3月初，噶尔丹流窜到阿察阿木塔台地方，“噶尔丹所，有诺颜格隆阿喇儿拜，下有一百余”，噶尔丹“遣人约丹济拉，会于阿察阿木塔台”。 4月4日，噶尔丹在科布多地区布颜图河边的阿察阿穆塔台地方病亡。
噶尔丹死后，护从丹济拉等火化其遗体 ，携骨灰，与噶尔丹之女钟察海率部准备降清。但策妄阿喇布坦派遣的堪都等尾随而来，噶尔丹的骨灰和女儿钟察海、诺颜噶隆、伊拉古克三呼图克图等，均落入策妄阿喇布坦手中。
丹济拉和部落失散，在哈密见到其子后，一起降清，清朝将其安置在八旗察哈尔内。此后，清朝以断绝贸易相威胁，策妄阿喇布坦于1698年（康熙三十七年）8月、1702年（康熙四十年）分别将噶尔丹的骨灰和钟察海送入清朝。
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