三体3最终结局如下：
小宇宙中只剩下漂流瓶和生态球。漂流瓶隐没于黑暗里，在一千米平方的宇宙中，只有生态球里的小太阳发出一点光芒。
在这个小小的生命世界中，几只清澈的水球在零重力环境中静静地飘浮着，有一条小鱼从一只水球中蹦出，跃入另一只水球，轻盈地穿游于绿藻之间。在一小块陆地上的草丛中，有一滴露珠从一片草叶上脱离，旋转着飘起，向太空中折射出一缕晶莹的阳光。
此时的幸存的人类剩下三拨：首先是蓝色空间号和万有引力号上的人们，飞到距太阳系几百光年光年外的地方，开拓了新世界；接着是程心，飞到云天明送给她的那个星系，遇到了新世界派来等她们的人关一帆；以及男主角云天明
然后，程心跟关一帆坐的飞船遇上了黑域，时间一下子过去了几千万年，除了他们两人，其他人类不知死活了。再往后，就是宇宙末日了，等候宇宙重生。
作品主题
星空、道德与诗，分别代表了文学的三大向度：对世界、人性与艺术的挖掘。作为当今中国科幻文学的扛鼎者，刘慈欣最拿手的就是星空：他硬科幻的想象力无人能及，他描写的“星空”这一向度可以打满分。
在《三体3：死神永生》里，情节的多番波澜逆转，最关键在于刘慈欣对两大宇宙规律的运用：多维空间与光速，就像他小说中那些最高等的“神”级文明一样，刘慈欣把各种前沿科技概念玩弄于股掌，他具有极强的把抽象科学原理具象化的能力。
一个传统小说家所具有的把抽象理念具象化的能力，刘慈欣直接把它施用于宇宙史诗中，效果叫人目瞪口呆。精彩的描写不胜枚举：三维空间人类进入四维空间时的迷幻体验、太阳系被压缩为二维平面时的凄美、跨度长达170亿年的时空穿越……全部以极其精细又磅礴的描写呈现——无数细节融汇为刘慈欣所谓的“宏细节”。
该作品还探讨了生存流浪，即人类为了生存而不得不选择的一种流浪行为。自古以来生存流浪就在人类生活之中存在，并是人类流浪行为的最具代表性也是最原始意义上的流浪。古代人为生存只能不停地迁徙，从一个地方到另一个地方。
而在游牧的时代结束之后，社会最弱势最低层的人之中，依然存在着这样的流浪行为。没有家园无法固定生存的人类为了求得生存只能不断进行生存流浪。