四川省重大地质灾害治理工程项目的实施分为三个关键阶段：勘查、施工图设计和施工。勘查阶段旨在详细了解地质灾害隐患，提出治理方案，并确保完成部署任务，勘查成果需满足后续可行性研究、初步设计和施工图设计的需求。
勘查工作完成后，省国土资源主管部门会组织专家对成果和项目概算进行双重审查，由地质环境处负责勘查成果审查，财务处负责项目概算审查。根据专家审查意见和工程紧迫性，省国土资源主管部门将制定治理工程项目任务书，根据治理需求和年度资金分配进行分配。
对于市、州和县（市、区）自行实施的地质灾害勘查项目，符合条件的，可纳入省级项目库，后续工作将根据程序进行。施工图设计阶段，市（州）国土资源部门需确定设计单位并进行审核，根据审核意见批复施工图设计，作为招投标、施工等环节的重要依据。
项目实施过程中，实行项目监理制，需由具有相应资质的监理单位负责，且监理单位不能与施工单位有利益关系。各级国土资源部门需定期向省主管部门报告工作进展，并接受监督和检查。
施工过程中，必须遵循已批准的施工图设计和预算。任何设计变更需由原设计单位提出，经监理单位认可，通过专家审查和原审核单位审核后才能批准。对于较大变更，如Ⅰ类变更，需先经市（州）主管部门初审再上报省；Ⅱ类变更则由县（市）初审后报市（州）。变更类型的具体划分见附件。
《四川省重大地质灾害治理工程项目管理暂行办法》于2011年8月4日由四川省国土资源厅以川国土资发201169号印发，自颁布之日起施行。该《暂行办法》分总则、项目申报和入库、项目实施、项目招投标及比选、竣工验收、附则7章38条。该《暂行办法》颁布实施后，《四川省国土资源厅关于印发四川省地质灾害防治工程项目管理暂行办法的通知》（川国土资发200767号）即废止。