马鞍山市发展和改革委员会内设多个部门，各司其职，共同推动城市的经济和社会发展。
1. 办公室负责机关的日常行政事务，包括综合协调政务、文电会务、财务档案、安全保密、来访接待等工作，以及人事管理、教育培训和离退休人员服务等。
2. 综合规划科负责国民经济和社会发展战略的研究，制定中长期发展规划，分析宏观经济，进行预测预警，并提出宏观调控建议。
3. 经济体制改革科研究改革政策，组织经济体制改革方案，协调专项改革推进工作。
4. 固定资产投资科监测投资动态，管理财政预算内的投资计划，指导公益项目建设，研究民间投资政策。
5. 外资利用科负责外资战略规划，外商投资项目的审查和审批，以及区域发展和经济合作相关工作。
6. 地区科协调国土整治政策，参与土地利用规划，推进区域间经济发展合作。
7. 工业发展科统筹工业规划，提出产业发展政策，负责工业重大项目审批和能源管理。
8. 基础产业科负责能源和交通发展规划，协调重大项目审核上报。
9. 农村经济发展科研究农业政策，编制农村发展规划，负责库区移民安置工作。
10. 社会发展科负责社会事业规划，编制计划，研究就业和社会保障政策。
11. 贸易和服务业发展科负责重要商品平衡和宏观调控，推动现代物流业和服务业发展。
12. 生态资源环境办公室负责资源环境协调、循环经济和节能减排工作。
13. 重点建设项目办公室负责项目计划编制和监督，以及重大项目管理和后评价。
14. 医药卫生体制改革科主要负责深化医药卫生体制改革的政策制定和实施工作。
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