自2000年以来，闽江口湿地的保护工作重点围绕几个关键领域展开。首先，实施了闽江河口湿地保护与恢复示范工程，这是保护工作的核心项目。其次，推进了科研设施和鸟类监测工程的建设，以提高对湿地生态系统的科学管理和监测能力。同时，开展了一系列湿地保护的宣传教育活动，提升了公众对湿地保护的认识和参与度。
为了从法律层面为保护区提供保障，从2010年起，《福州市闽江河口湿地自然保护区管理办法》和《闽江河口湿地自然保护区实验区水产养殖管理规定》开始实施，这两项法规的出台，标志着保护区的法制化进程迈上了新台阶。
作为社区共管的一部分，闽江口湿地公园由五个独特的景区构成：天然湿地保育区，致力于生态保护；湿地生态养殖区和湿地生态农业园，展示了人与自然和谐共生的模式；湿地文化街，蕴含着丰富的历史文化元素；以及湿地观光园，供游客亲身体验湿地生态的美丽。自2008年公园获批以来，已经完成了湿地博物馆（主体部分）、主干道和古榕文化街的大部分景观建设。目前，湿地会所的设计正在进行中，生态农渔业示范区的建设也在紧锣密鼓地展开。
福州闽江口湿地西起福州的侯官，一直到长乐的梅花镇。专家已发现6块面积超过3000亩的大片湿地，分别是鳝鱼滩、马杭洲及其毗邻的滩洲（道庆洲、草洲）、蝙蝠洲、浮岐洲、浦下洲、新垱洲等，它们既是目前福建全省最大湿地，也是亚太地区候鸟迁徒途中重要的一处落脚站。