被告负举证责任原则，是我国行政诉讼法的特有原则之一。是指作为行政诉讼被告的行政机关在行政诉讼中，对具体行政行为负有向人民法院提交事实证据和法律法规等规范性文件依据的责任，对被诉具体行政行为的事实依据和法律法规依据如不进行举证以及举证不充足，则可能承担败诉的法律后果。
由于行政诉讼的客体是具体行政行为，作为被告的行政机关是具体行政行为的主体，应当清楚其作出的具体行政行为的事实根据和法律依据。行政相对方则不易了解具体行政行为的依据。从依法行政的角度，行政机关作出具体行政行为应有相应的事实根据和法律依据，才能有效成立。该具体行政行为被诉后，行政机关就必须证明其行为有事实根据和法律依据，如果行政机关不能提供证明该具体行政行为的事实根据和法律依据，就可能承担败诉的后果。
被告负举证责任，利于促进行政机关依法行政，防止行政机关滥用职权，利于保护行政相对方的合法权益。对被告提出的证据，原告有权进行质证和举证，进行反驳；在起诉时原告也有权举证。被告负举证责任原则，利于行政管理相对方提起行政诉讼，便于行政相对方以行政诉讼制度保护自己的合法权益，最终也利于对行政机关进行监督。
被告负举证责任，并不是原告在诉讼中无所作为，并不是不做任何举证和质证。如原告对被告的举证不积极质证和作必要的举证，也可能败诉。原告在行政诉讼中，在被告行政机关向法庭举证时，应认真进行质证，即指出行政机关的证据存在的问题。如认为行政机关的证据是事后后收集、缺乏关联性、威胁、利诱、逼供、弄虚作假等等，并陈述自己的理由和依据。对于行政机关持有的对原告有利的证据而行政机关未向法院提交的，可以要求法院调查权证。原告在起诉时还可以向法院提交对自己有利的证据，以利于支持自己的诉讼请求。此外，在一些特殊行政案件中，根据案件性质，原告也负有一定的举证责任。如：在损害赔偿案件中原告对自己受到的损害、损害与具体行政行为的因果关系等要举证；起诉行政机关不作为的案件，原告应当证明自己已经提交过申请并经过一定期间。