慈禧太后在奕䜣一系人的全力支持下，终于击败了以肃顺为首的热河集团，取得了辛酉政变的胜利，得到了国家的最高统治权。当务之急是稳定人心，控制大局。这就必须奖励功臣，惩罚政敌。
咸丰十一年十月一日（1861年11月3日），授以恭亲王奕䜣议政王、军机大臣、宗人府宗令三大要职，次日又补授内务府总管大臣之职。奕䜣集大权于一身，权倾天下。奕䜣一系的其他人也得到了相应的封赏。这个时候，以恭亲王奕䜣为首的新的权力中心就形成了。
这之后又接连下旨，给恭亲王奕䜣一系列的殊荣：先是赏其亲王爵世袭罔替，奕䜣坚辞，改赐亲王双俸；接着下旨命大学士会同六部九卿详议其生母康慈皇后配享太庙一事，使得康慈皇后能“享尊谥，升太庙”，了结了奕䜣多年的心病；两宫皇太后还赏其在紫禁城内坐四人轿；并下旨晋封其女为固伦公主，留在宫中抚养；其子载瀓赏戴三眼花翎。奕䜣一家集所有荣宠于一身，奕䜣一派弹冠相庆。
咸丰十一年十月二日，发上谕查抄了肃顺在热河和在北京的所有家产。并下谕旨命恭亲王奕䜣为首会议如何处置载垣、端华、肃顺。经过几天争论，达成共识，十月六日下谕旨，昭示以载垣、端华、肃顺为首的赞襄政务八大臣的罪状，公布了对八大臣的惩处决定。
当天，载垣、端华自缢而死。肃顺也被押赴刑场。其他人有的被革职、有的被发配，只对少数与肃党往来密切的官员和太监进行了相应的处置。这是两宫皇太后与奕䜣对肃顺集团处理的最高也是最终的决策。并没有牵扯更多的人员，这使北京原本人人自危的紧张气氛得以缓解。
慈禧太后、恭亲王的宽大博得了舆论的赞誉。大权已夺，美名已博，接下来就是各方面所关心的政治体制的形式问题。
关于如何垂帘，大臣们绞尽脑汁，商议再三，但他们所拟章程受清代祖制的约束，不能满足慈禧太后“集大权于一身”的愿望。
因此，慈禧太后不得不以皇帝的名义明发上谕，明确点出垂帘听政章程的要点，指令臣工们照办。这两道上谕内容可总结如下：“处理中外事务的奏章分六步。第一步是慈览。一切中外章奏，均首先呈递两宫皇太后慈览。第二步是详议。慈览后发交议政王、军机大臣详议。第三步是请谕。当日召见时，两宫皇太后代表幼帝就谕旨内容发出具体指示。第四步是缮拟。根据请谕到的内容，议政王、军机大臣缮拟谕旨。第五步是阅定。谕旨拟后的次日经两宫皇太后阅读审定。第六步是颁发。阅定后发至内阁。”
两宫皇太后把上谕颁发权紧紧控制在手中。大臣们在又议了十多日后，不得不妥协，呈上了让慈禧太后满意的垂帘章程。
咸丰十一年十月初九日，幼帝在太和殿举行登基大典，改年号为“同治”。同年十一月初一日，举行垂帘听政仪式。两宫皇太后、同治帝同御养心殿东暖阁，一帘纱屏，两张御案，开始了有清一代从未有过的垂帘历史。
太后垂帘、亲王辅政格局的最终确立使清王朝政局暂时得以稳定。但看似平静的政局下蕴含着矛盾的暗流。随着慈禧太后羽翼渐丰，这种隐藏的矛盾开始逐渐显现出来。