叶圆形，盾状，直径25-90厘米，表面深绿色，被蜡质白粉覆盖，背面灰绿色，全缘稍呈波状，上面光滑，具白粉，下面叶脉从中央射出，有1-2次叉状分枝；叶柄粗壮，圆柱形，长1-2米，中空，外面散生小刺。花梗和叶柄等长或稍长，也散生小刺；叶柄圆柱形，密生倒刺。
花单生于花梗顶端、高托水面之上，花直径10-20厘米，美丽，芳香；有单瓣、复瓣、重瓣及重台等花型；花色有白、粉、深红、淡紫色、黄色或间色等变化；荷叶矩圆状椭圆形至倒卵形，长5-10厘米，宽3-5厘米，由外向内渐小，有时变成雄蕊，先端圆钝或微尖，雄蕊多数；
雌蕊离生，埋藏于倒圆锥状海绵质花托内，花托表面具多数散生蜂窝状孔洞，受精后逐渐膨大称为莲蓬，每一孔洞内生一小坚果（莲子）；花药条形，花丝细长，着生在花托之下；花柱极短，柱头顶生；花托（莲房）直径5-10厘米。
坚果椭圆形或卵形，长1.8-2.5厘米，果皮革质，坚硬，熟时黑褐色；种子（莲子）卵形或椭圆形，长1.2-1.7厘米，种皮红色或白色。花期6-9月，每日晨开暮闭。果期8-10月。荷花栽培品种很多，依用途不同可分为藕莲、子莲和花莲三大系统。
荷花受精后发育成果实，俗称莲子。幼果期果皮绿色，革质，后由绿转褐色，成熟时呈棕褐色、灰褐色和黑褐色。莲子的果皮极为坚硬，其表面有气孔和保护细胞，表皮下面有坚固而致密的栅栏组织，气孔下面有一条气孔道。成熟莲子果皮的气孔道很小，空气和水份无法自由出入，甚至能阻止微生物的侵害，所以莲子的寿命极长。
荷花的根状茎，由于生于水下淤泥中，受到水重力和缺乏阳光的影响，从而呈现了特殊的形态的茎是根状茎。横生，肥厚，节间膨大，内有多数纵行通气孔道，上生黑色鳞叶，下生须状不定。
荷花的叶为圆形，盾状，直径在25-90厘米之间，表面深绿色，上面覆盖着蜡质白粉，叶片的背面呈灰绿色，全缘稍呈波状。
荷花并没有发达的主根，只是在藕节上长出一些须状的不定根。荷花的主根退化，不定根成束状环绕排列在地下茎节的四周。莲的不定根非常发达，不定在生长过程中，能够从不断延伸的茎节上不断产生次生侧根，形成强大的根系，起到固定支撑的作用，并能够加强水份和营养物质的吸收。
