秦始皇遗体是完好，不清楚。可以肯定的是，未被破坏。
现代考古证明，秦始皇陵地宫完整的保存在封土堆下，几千年来未被盗掘，是全国唯二的未被盗掘的帝陵。
历代对秦始皇陵的影响：
秦代
前247年，秦始皇开始修建自己的陵墓。秦始皇陵从前247年开始修建，到前208年秦末农民起义，秦帝国危在旦夕时，才由他的儿子秦二世草草完工，前后共修了38年，动用徭役、刑徒72万余人。
前206年，秦始皇陵遭遇了第一次也可能是最大一次的劫难。据《史记·高祖本纪》 、《汉书·卷一·高帝纪第一上》、《汉书·卷三十六·楚元王传第六》记载，项羽攻入关中后，大规模破坏秦始皇陵，地面建筑毁于一旦，并挖掘帝陵。
西汉
刘邦击败项羽后，定都长安，建立西汉。为了笼络天下人心，于前195年，下令对秦始皇陵妥为保护，着令20户人家住在秦陵附近，作为守陵人看管秦始皇陵。此后，各朝各代的统治者对秦代帝王陵墓，都下令保护。
然而即使这样，秦陵也未得安稳。《汉书·刘向传》记载，有一小孩在秦陵附近放羊，结果有一只羊掉入地洞中，小孩子打着火把到地洞中去寻找，不料竟然走进了秦陵地宫，引发大火，把秦始皇的棺椁烧掉了。
对《汉书》所记，《水经注·渭水》也作了补充：“牧羊人寻羊烧之，火延九十日不灭。”
东汉
《水经注·渭水》记载，东汉末年，赤眉军盗掘秦始皇陵，将发掘的葬具、铜椁熔化掉，以取铜材。
魏晋
《晋书·载记第七·后赵·石季龙载记下》记载，魏晋后赵时期统治者石虎，盗掘秦陵。
唐代
唐代末年，黄巢进入关中，秦始皇陵又经过一次大规模的破坏。黄巢盗秦陵一事历代都有传说，明人都穆《骊山记》云：“始皇陵内城周五里，旧有四门，外城周二十里，其址俱存，自南登之，二邱并峙，人日：此南门也。右门石枢犹露土中，陵高可四丈，项羽、黄巢皆尝发之。老人云：始皇葬山中，此特其虚冢耳。”
都穆《骊山记》中所记黄巢盗秦陵的事情，在新、旧《唐书》均不见记载，所以，不少学者对其真实性提出了质疑。
五代
五代时军阀温韬以筹军饷为名，再次大规模地盗掘秦始皇陵。
宋代
宋太祖开宝三年（970），下令临潼县保护和修整秦始皇陵。
清代
清代陕西巡抚毕沅，曾为秦始皇陵立碑。
清光绪年间，秦陵又一次被盗墓贼光顾。当地官府获悉后立即派人赶来调查，发现盗洞后将洞口用实物封死不留痕迹，严加看护，防止再次被盗。但这样重大的事情，地方志却没有记载，所以可能是现代版本的““牧羊人寻羊烧之”。
民国
民国初年，军阀混战，政局混乱，社会动荡，在陕军阀又一次挖掘秦陵。
刘镇华是河南军阀，发迹于1912年至1928年的北洋政府时期。1926年率十万“镇嵩军”由豫西进入关中，将杨虎城、李虎臣二部围困于西安城长达8个月之久，城内饿死和战死的军民有好几万人，时称“二虎守长安”。刘镇华盗秦陵就发生在其主政陕西期间，并且，被其盗掘的并不仅仅是一座秦陵。
除刘镇华外，原国民革命军陆军二级上将孙连仲，也曾在秦陵上“挖战壕”。知情人后来称，孙连仲是暗渡陈仓，装模作样，实际是在盗陵。
现代
1974年1月29日，在秦始皇陵坟丘东侧1.5公里处，当地农民打井无意中挖出一个陶制武士头。后经国家文物部门挖掘，终于发现了使全世界都为之震惊的秦始皇陵兵马俑。现代考古证明，秦始皇陵地宫完整的保存在封土堆下，几千年来未被盗掘，是全国唯二的未被盗掘的帝陵。
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