其结构分为基本结构和特殊结构。
基本结构是细胞不变部分，每个细胞都有，如细胞壁、膜、核。
特殊结构是细胞可变部分，不是每个都有，如鞭毛、荚膜、芽孢。
1、细胞壁 cell wall：位于细胞表面，较坚硬，略具弹性结构。
功能：1）维持细胞外形；2）保护细胞免受机械损伤和渗透压危害；3）鞭毛运动支点；4）正常细胞分裂必需；5）一定的屏障作用；6）噬菌体受体位点所在。另外与细菌的抗原性、致病性有关。
2、细胞膜 cell membrane
在细胞壁与细胞质之间的一层柔软而富有弹性的半透性膜。厚7-8nm。
化学组成：蛋白和磷脂，蛋白含量高达75%，种类也多。膜不含甾醇类。
功能：1）高度选择透性膜，物质运输：2）渗透屏障，维持正常渗透压；3）重要代谢活动中心；4）与壁、荚膜合成有关；5）鞭毛着生点，供运动能量。
3、间体 mesosome(中质体）
细胞膜内陷形成。
功能：1）拟线粒体，呼吸酶系发达。
2）与壁合成，核分裂，芽孢形成有关。
4、细胞核 nuclear body
核质体
原核无明显核，一反差弱的核区。
特点：无核膜、核仁、固定形态，结构简单，细胞分裂前核分裂。一般单倍体。
成分：DNA：环状双链，超线圈结构，负电荷被镁离子、有机碱（精胺、腐胺）所中和。
与真核区别：
5、核糖体 ribosome RS
核糖核蛋白的颗粒状结构，RNA+蛋白。
原核：游离态、多聚核糖体，70S
真核：游离态、结合内质网上，70、80S
多聚核糖体：一条mRNA与一定数目的单个RS结合而成。
功能：
6、细胞质及内含物
是无色透明胶状物，原核与真核不同。
主要成分：水、蛋白、核酸、脂类及少量糖和无机盐。富含核糖核酸。
不同细菌细胞内，含不同内含物，是细胞的贮藏物质或代谢产物。
（二）特殊结构
1、荚膜 capsule：某些细菌细胞壁外面覆盖着一层疏松透明粘性物质。厚度不同，名称不同。
折光率低，负染法观察。
成分：90%以上为水，余为多糖（肽）。
功能：1）抵抗干燥；2）加强致病力，免受吞噬；3）堆积某些代谢废物；4）贮存物。
2、鞭毛和菌毛
鞭毛flagellum：某些细菌表面一种纤细呈波状的丝状物，是细菌运动器官。
直径20-25nm，长超过菌体若干倍。电镜或特殊染色法观察，悬滴法观察运动。
化学成分：主要是蛋白质。
结构：G+与G-区别；原核与真核区别
鞭毛着生位置与数目，可作为分类依据。
鞭毛着生状态决定运动特点。
趋性运动：栓菌实验
菌毛fimbria (pilus )：许多G-尤其是肠道菌，表面有比鞭毛更细，数目多，短直硬的丝状体。
直径7-10nm ,长2-3um。
性菌毛（F菌毛）
3、芽孢 spore, endospore
某些菌生长一定阶段，于营养细胞内形成一个内生孢子，是对不良有抗性的休眠体。
每一细胞仅形成一个芽孢，所以其没有繁殖功能。
形成芽孢属于细胞分化（形态发生）
Bacillus, clostridium, Spirillum, Vibrio, Sarcina
结构组成特点：含水量低（平均40%），壁致密，芽孢肽聚糖和吡啶-2,6-二羧酸钙（DPA-Ca ）
芽孢有极强的抗热、辐射、化学药物和静水压的能力，休眠力惊人。
芽孢结构、形成、萌发
伴孢晶体
孢囊 cyst，等等。
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