1、计税方法不同
工程发票的营增改后工程款增值税发票。一般计税方法，开具税率为11％的增值税专用发票，选择简易办法计税，则只能开具“征收率”为3％的增值税普通发票；提供交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，税率为11％。
劳务费发票的开材料发票即将增值税专用发票是针对一般纳税人开的，对方可以抵扣进项税，而增值税普通发票，可以开给一般纳税人也可以开给小规模纳税人，无论开给谁都不能抵扣进项税。
2、发证单位资质不同
工程款发票由承包商公司开具给承包单位，主要包括人工费、水电费、主要材料费、设备租赁费等。营业税：按项目结算金额计算缴纳营业税，营业税税率为3％；城建税：城建税按营业税计算缴纳。城建税税率：纳税人位于市区的，税率为7％。
纳税人位于县、镇的，税率为百分之五；纳税人不在市区、县城、镇的，税率为百分之一。附加教育费：按营业税计算缴纳，税率3％。印花税：按建筑安装工程合同金额的0．3‰计算支付。
劳务费发票：劳务费用发票由劳务公司开具给发包单位。主要内容是劳务费用。劳务范围较大。提供服务性服务，按百分之五的税率征收营业税；建筑安装服务业还征收营业税，税率为3％。
3、票据功能不同
项目付款发票具有付款和兑换功能。一国货币购买外国货币的能力；信用功能。也就是说，票据当事人可以凭借自己的信誉，将将来获得的货币作为当期货币使用。结算功能。这就是债务抵消函数。
劳务费发票没有融资功能。即财务资金或调度资金。票据的融资功能是通过票据的贴现、再贴现和再贴现来实现的。循环功能。转让汇票的权利，通过交付或背书而不通知债务人。
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