1、编程难度增加。三轴加工中心在加工时，刀轴方向是不会改变的，运动方式也有限，编程相对简单。五轴加工，由于刀具和工件的相互位置在加工过程中随时调整，刀轴方向不断改变，要注意干涉。
2、现在一般都用专门的编程软件进行辅助编程，我这里以UG为例。相对三轴，五轴加工编程很重要的两点：驱动方法和刀轴，这两项的设定很重要。另外，为完整切削要加工的面，避免过切或切削不完整，“指定部件”和“指定检查”也很重要。
3、后处理，五轴比三轴复杂，要考虑的参数更多。
5轴、4轴编程。
如果是旋转轴固定的话，可以直接当成3轴机来编程。如果是联动的话，那么5个轴同时协调运动，这是一个非常复杂的计算过程了，只能依靠软件编程了，而且5联动编程不是那么简单的，主要是刀轴方向的确定。3轴联动编程的话，刀轴方向始终是朝向XY平面的矢量方向；4轴联动编程，刀轴始终是朝向工件旋转轴心线的；而5联动编程，刀轴方向就不是固定的了，随时都在变化中，而且是空间的任意方向变化，只能依靠软件来编程了（例如，加工螺旋桨叶片，为了得到较高的表面质量，那么就要求，刀具和叶片表面夹角始终保持一致，那么刀轴的方向就随着叶片表面曲线始终在变化）。5联动编程的关键点就是在刀轴的方向上，而且软件编程时还需要手工进行刀轴的插补，非常的耗时耗力。编程和后处理无关。后处理，那个不用担心，每台机床出厂时，厂家“后处理程序”都是设置好了的，只要你用软件编出走刀路径，然后就能通过后处理程序生成机床所用的程序。所谓的“后处理程序”，其实就是一个“转换工具”，将不同软件编制的程序处理成机床能够认识的程序，就是起这么一个作用的。