一、性质不同
1、数字证书：是指CA机构发行的一种电子文档，是一串能够表明网络用户身份信息的数字，提供了一种在计算机网络上验证网络用户身份的方式，因此数字证书又称为数字标识。
2、电子印章：是电子形式的数据，是与数据电文（电子文件、电子信息）相联系的用于识别签名人的身份和表明签名人认可该数据电文内容的数据。
二、使用特点不同
1、数字证书：用户申请证书时会有两份不同证书，分别用于工作电脑以及用于验证用户的信息交互，若所使用电脑不同，用户就需重新获取用于验证用户所使用电脑的证书，而无法进行备份，这样即使他人窃取了证书，也无法获取用户的账户信息，保障了账户信息。
2、电子印章：电子印章克服了传统印章的许多缺陷，安全性有了更好的保障。电子印章符合传统习惯，在传统办公行文模式向信息化办公行文模式过渡阶段，使得电子签名可视化，对电子签名的推广应用起到了促进作用。
电子印章是借助CA身份认证技术、信息加密技术实现的，可以直接在电子文件上加盖印章的技术，属于电子签名中的一种（电子签名可以理解为印章和签字）。
与传统的线下实体印章相比较，电子印章技术的难点，并不是实现企业印章外观的电子化，而是要保障电子印章加盖之后的电子文件具备合法有效性，即：使用可靠的电子印章签署的电子文件具备签署身份可以识别、签署内容不可篡改等特性。