1、明朝开国皇帝朱元璋，建都于南京，死后葬于南京钟山之阳称“明孝陵”。
2、第二帝朱允炆（建文帝）因其叔父朱棣以“靖难”（为皇帝解除危难）为名发兵打到南京，建文帝不知所终。有人说出家当了和尚，总之是下落不明（这在明朝历史上是一个悬案），所以没有陵墓。
3、第七帝朱祁钰，因其兄英宗皇帝朱祁镇被瓦剌所俘，宫中无主，在太后和大臣的旨意下即了帝位。后英宗被放回，在心腹党羽的策划下，搞了一场“夺门之变”，英宗复辟，又坐了皇帝。
朱祁钰被害死，英宗不承认他是皇帝，将其在天寿山区域内修建的陵墓也给捣毁了。而以“王”的身份将他葬于北京西郊玉泉山。这样，明朝十六帝有两位葬在别处，一位下落不明，其余十三位都葬在天寿山，所以称“明十三陵”。
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明孝陵
明孝陵位于南京市玄武区紫金山南麓独龙阜玩珠峰下，东毗中山陵，南临梅花山，位于钟山风景名胜区内，是明太祖朱元璋与其皇后的合葬陵墓。因皇后马氏谥号“孝慈高皇后”，又因奉行孝治天下，故名“孝陵”。其占地面积达170余万平方米，是中国规模最大的帝王陵寝之一。
明孝陵始建于明洪武十四年（1381年），至明永乐三年（1405年）建成，先后调用军工10万，历时达25年。承唐宋帝陵“依山为陵”旧制，又创方坟为圜丘新制。将人文与自然和谐统一，达到天人合一的完美高度，成为中国传统建筑艺术文化与环境美学相结合的优秀典范。
明孝陵处于山清水秀的环境之中，周围山势跌宕起伏，山环水绕，人文与自然景观浑然天成。陵园规模宏大，格局严谨。孝陵建筑自下马坊至宝城，纵深2.62公里，陵寝主体建筑当年建有红墙围绕，周长2.25公里。
参考资料来源：百度百科-明十三陵
参考资料来源：百度百科-明孝陵
这个十三陵其实就是十三个皇帝埋葬的地方，整个明朝只有两个皇帝没有葬在这个陵墓中，那他们都去了哪里呢？第一就是朱允炆，很多人都知道他的原因是因为他的叔叔朱棣，这叔侄对于皇位之间的战争，最终以自己的侄子失踪为结束。其实很多人都不明白，朱元璋为什么不选择自己的儿子而选择自己的孙子？因为当时嫡长子继承之刚刚兴起，而他又专心培养自己的大儿子，也就是太子，希望他能成为皇帝。但是没想到自己的大儿子身体不好，所以提前早逝。他在心里就认定了自己的大儿子是皇帝，所以才会将皇位直接传给自己的孙子。
虽然很多人认为朱棣才应该是皇帝，但是他不仅是庶子还已经成为了亲王。如果匆匆忙忙叫自己的儿子回来，就会引起藩王与皇位之间的争夺。但是没想到叔侄之间最终没有免除一战，而朱允炆也在这场大战中消失了，自然就没有办法住进皇陵。即使传闻他最后做了和尚，但是谁也没能找到他，这位少年皇帝就此消失了。
第二位就比较可怜了，那就是英宗。他虽然成为了皇帝，但是依旧却没有葬入十三陵。他作为皇帝，却执意出征，但是没想到他被蒙古的首领所俘虏。在危急的情况下大臣将他的弟弟推举为皇帝。即使最后他被释放回来，也因为没有价值而将他送进了皇城的边角宫殿。
即使后期发动政变，他重新成为了皇帝，他依旧没有住进十三陵，不是他不能进，而是他早就为自己修好了陵墓。所以他就被葬了进去，但很多人也认为是因为他没有资格。