水产动物医学系于2007年组建，下设水产动物疾病学教研室、微生物学教研室，国家渔业动植物病原库挂靠在本系，拥有“临床兽医学”硕士学位授予点。目前共有教师13名，其中教授3名，副教授4名，讲师3名，助教3名，博士以上学历的教师占30%以上。
“水产动物疾病学教研室”主要从事水产动物疾病及其控制理论与实践的教学与研究工作，它的工作范围涉及到水产动物病原生物学，病理学，免疫学，渔药药物学，承担本科生主要课程：水产动物疾病学、水族宠物医学，教学和科研在国内外享有较高的知名度。
“微生物学教研室”主要从事微生物学、细胞生物学、分子生物学，水域生态学、微生态学等方面的教学与研究工作。承担本科生主要课程：环境微生物学、微生物学、高级微生物学、微生物与人类健康等。
建设中的“农业部渔业动植物病原库” 作为教学和科研工作平台，在国内已经产生一定影响。
作为水族科学与技术教育高地建设项目的“水族宠物诊所”运营一年来，深受市民欢迎和媒体关注，作为水族科学与技术专业教学和实践基地，研究生和大学生们得到临床实践锻炼。
为适应水产养殖业的发展，水产动物疾病学学科越来越显得快速发展的必要性，学校选派青年教师国内和国外进修和攻读学位，以及人才引进，加强学科师资队伍建设。
1986年陆宏达选派到英国Stirling大学水产研究院取得水产动物疾病方面的硕士学位后于1989年返校继续任教，承担过鱼病学、 水产动物疾病学、专业外语和微生物学实验的本、专科教学任务，水产动物病理学的研究生教学任务，还多次为函授班、各种培训班以及农业部委托举办的鱼病高级研修班授课。参编了《水产动物疾病学》。主持上海市农委科技兴农重点攻关项目中华绒螯蟹的池塘养殖及病害防治综合技术的开发 等多项研究。1996～1999年任鱼病室副主任。
1996年引进潘连德任教，1998年主讲并编印《鱼类病理学》本科教材，主讲“海水养殖病害学”、和陆宏达教授轮流主讲“水产动物疾病学”，主讲“水产动物病原学”研究生课程，主持国家自然科学基金项目“养殖中华鳖药源性肝病病理机制研究（39970582）”等多项研究，开展“水产动物医学”的临床诊断和控制技术攻关。2005年主讲“观赏水族病害学” 课程，2006年创建首家“水族宠物诊所”开展水族宠物的临床治疗和实践教学。1996～1998年任鱼病室主任。现任水产动物医学系主任。
1997年引进杨先乐任教，主讲“水产动物免疫学”等研究生课程，主持建立“农业部渔业动植物病原库”，主编《新编渔药手册》2005年中国农业出版社出版，参编《水产动物病害学》2004年中国农业出版社出版， 主持国家自然科学基金、农业部等多项研究项目。1999～2006年任鱼病室主任。
1999年张庆华任教，主要研究方向为水产动物医学，从事水产动物疾病相关病原的检测和免疫研究工作。主讲《微生物学》、《免疫学》、《病毒学》、《水产动物医学概论》、《微生态与健康》等课程。主持和参加上海市科研项目多项。现任水产动物医学系副主任。
2000年引进胡鲲任教，主讲《微生物学》、《环境微生物学》，主持和参加科研项目多项，研究方向为水产品安全、微生物学。现任水产动物医学系副主任。
2006年胡乐琴任教，主讲《微生物学》、《环境微生物学》。研究方向为水产动物医学，研究兴趣为养殖水域中微生物与养殖疾病发生的关系及其规律的研究等。
2007年引进吴惠仙任教，2005年于上海水产大学从事水产临床医学博士后研究工作。参加和主持国家973计划、国家自然科学基金、浙江省教育厅、浙江省自然科学基金和浙江省科委、杭州市科委等多项项目的研究工作。
