从前有个印度和尚法名慧理,云游四方时来到了杭州灵隐飞来峰下,感叹此峰与天竺灵鹫峰无二,便云:"此乃天竺国灵鹫山之小岭,不知何以飞来?佛在世日,多为仙灵所隐"。于是便有了"飞来峰"之名,之后慧理法师在此兴建寺院便称为"灵隐"。这位开山祖师圆寂后便葬于飞来峰下,据说就在理公塔的位置。
此外好像还有一个版本是跟济公法师背媳妇的传说有关,大概内容是济公法师知道有座山峰要飞过来压在村子上,便背了个女子向村外跑,村民看到和尚背女子都觉得好奇,就跟着向村外跑着看,结果大家跑出来后,山峰压在了村子上,大家得救了,便称此峰为"飞来峰"。