南通大学设有99个本科专业，建有3个一级学科博士学位授权点，二级学科博士学位授权点有20余个，17个一级学科硕士学位授权点和105个二级学科硕士学位授权点。拥有1个江苏省高校国家重点学科培育建设点，6个江苏省一级学科重点学科，3个江苏省一级学科重点建设学科，5个省优秀学科梯队，2个江苏省高校优势学科建设工程一期项目。 国家特色专业建设点：临床医学、电气工程及其自动化、英语、汉语言文学、预防医学。 省级品牌专业：汉语言文学、电气工程及其自动化、临床医学、自动化、预防医学、生物科学。 省级特色专业：机械工程及自动化、自动化、体育教育、英语、生物科学、预防医学、电子信息工程、医学影像学、思想政治教育、历史学、计算机科学与技术、教育学、物理学、通信工程。