东莞市单位员工社保网上停缴申请流程如下：
1. 登录东莞市社会保障局网站，进入单位服务大厅。
2. 在“社保业务”菜单中选择“停缴申请”。
3. 输入需要停缴的员工身份证号码，选择停缴原因和停缴时间，提交申请。
4. 等待审核结果，如审核通过，则停缴申请生效。
需要注意的是，单位在提交停缴申请前，应确保该员工的社保费用已经结清，且不存在任何欠缴情况。否则，申请可能会被驳回。此外，单位还需要根据相关法律法规和政策规定，合理确定停缴原因和停缴时间，确保符合规定，避免违规操作。
在提交申请后，单位应及时关注审核结果，如审核未通过，应根据审核意见进行修正并重新提交申请。同时，单位也需要做好相关记录和资料保存工作，以备后续查询和审核。
总之，东莞市单位员工社保网上停缴申请流程相对简单便捷，但单位在操作时需要仔细核对相关信息和资料，确保申请合规有效。