袁世凯杀宋说
袁害怕宋教仁以合法手段取得权利，后见收买不成，便布置歹徒，对宋教仁下了毒手
《宋教仁被刺案内应夔丞家搜获函电文件》（右图）（章伯锋、李宗一主编）中收录了，案发前后，应桂馨和袁世凯，洪述祖来往的电报。 3月13日，应夔臣给洪述祖发电报称“功赏一层，夔向不希望。但事关大局，欲为釜底抽薪法。若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱。”而后应桂馨给洪述祖的电报“梁山匪魁，顷又四处扰乱，危险实甚。已发紧急命令，设法剿捕，乞转呈候示。”3月20日晚上10点40多分刺杀成功，两个半小时后（21日凌晨2点10分），应夔臣发电报向洪述祖报告：“所发急令已达到，请先呈报。”21日9点20分再次发报：“匪魁已灭，我军一无伤亡。堪慰。”电报内容已经赤裸裸说明袁世凯杀宋教仁的意图
《张浦泉先生回忆录、日记》说：宋遁初被难后，洪自南来，又见总统一次。总统问及遁初究系何人加害。洪曰：“这还是我们的人，替总统出力者。”袁有不豫色。洪见袁颜色不对，出总统府，即到内务部告假，赴天津养病。
据袁克文回忆，袁世凯曾说：我代人受过多的很，从未辩过。我虽不杀遁初，遁初亦因为我而见杀，怎么辩呢！明事理的人一定察觉出，如果我想杀他，不必一定招其来而杀之。我完全可以等他来了后，陷他以罪杀他，何必要数次邀请他，乘他将行而杀之？这明明是授人以柄，愚夫也不会做这等傻事。
以当时国民党在国会的得票率，还不能肯定宋教仁一定能够组阁，也就不存在谁怕谁、非要杀谁的问题。
从这张图上，我们可以看到国民党虽为参众两院第一大党。但是都没过半。而支持袁世凯的进步党，以及“其它党派” 组成的“拥袁”派却过了半数。
这里特别要说明的是“其它党派”的性质。其成员大多由袁大总统直接点派的“蒙藏等地议员”组成。
何况当时跨党人士比比皆是。引退后的伍廷芳，就被先后拉入11个党。国民党议员的组成也是“什么人都有”。到关键时刻伍廷芳式的议员会投哪个党的票？
陈其美杀宋说
辛亥前，同盟会发生过两次倒孙风潮,在这两次倒孙风潮中，宋都没有站在孙一方。由此，陈其美等铁杆拥孙派对宋颇为怀恨。
南京临时政府成立后，宋与孙处处相反。孙主北伐，宋主南北议和，推袁作总统。孙主定都南京，宋和章太炎都主张定都北京。
俩人政见也大相径庭：孙主张实行美式总统制，宋主法式责任内阁。孙坚持要做大权独揽的大总统，不愿受人制约，理由是内阁制“断非此非常时代所宜，因为在此非常时代，吾人不能对唯一置信推举之人，而复设防制之法度，而误革命大计”。双方争到面红耳赤，不欢而散。
于是，作为国民党内的激进派，陈其美利用孙中山出国之机，在孙中山不知道的情况下，贸然杀宋，以造成既成事实，进而达到一箭双雕的作用：近可以让自己更上一层楼，顺理成章地接孙的班，远可以激发党人国人，发起反袁“二次革命”。
陈其美、应桂馨都是共进会成员，他们不满宋教仁对国民党的领导。陈其美这个人，身兼革命家和青洪帮的双重身分，为人一向胆大妄为，心狠手辣，谋刺李燮和、陶骏保、陶成章、夏瑞芳都有他的身影。
宋教仁临行之前，陈其美（英士）、应夔丞（桂馨）等人曾设宴饯行。宴席进行中间，陈其美询问宋教仁组织国民党政党内阁的办法，宋教仁表示说：“我只有大公无党一个办法！”
陈其美听了没有说话。应夔丞在一边骂道：“你这样做简单就是叛党，我一定要给你一点颜色看看。”他一边说话，一边从怀里掏手枪。在场的其他人劝住了他。
宋教仁说：“死无惧，志不可夺。”大家只好不欢而散。
时党人沈翔云曾说：“国民党内的许多人都痛恨宋教仁，陈其美、应夔丞（应桂馨）尤其痛恨他。这几天他们两个人整天都在商议这件事情，即使像我这样的亲近之人，也不能够参与机密。偶然听到他们之间的几句议论，也是关于宋教仁的，而且他们说话的神情语气都很不好看。”
时袁世凯为稳定政局，正在全国“打黑”，应桂馨出面发起的共进会，也是带有黑帮性质的组织。负责打黑的洪述祖南下之后，应桂馨同他达成交易，愿受政府招安，并自告奋勇承担“毁宋”任务。洪述祖护主心切，“假托政府名义”向应桂馨下达指令，以致回京后秘密函电往来。但应桂馨脚踩两只船，一面跟洪述祖联络，一面向同门大哥陈其美透露了“毁宋”计划，陈其美巧妙利用国务院秘书洪述祖的“毁宋”计划，安排应桂馨和一班党人成功地实施了“杀宋”计划。
当时上海是陈其美势力的大本营，宋案从刺杀到审判都发生此处。和以往刺杀案悬而未破相反的是，刺宋案的破获却是出乎意料的顺利，几乎要用难以置信来形容。
而凶手武士英在监狱的神秘死亡，似乎也与陈其美有关。当时看守武士英的沪军六十一团，是国民党人黄郛的部队。而陈其美、黄郛和蒋介石是拜把子兄弟。
这一切不禁使人开始怀疑上了陈其美。
1913年3月27日，梁启超在写给女儿梁思顺（令娴）的家信中：“宋氏之亡，促吾加慎，……刺宋之人（真主使者陈其美也），胪列多人，我即其第二候补者，今将彼宣告文剪寄，应某谋北来刺我，二十日前蜕丈已电告矣。”
反方：陈其美和宋教仁交情深厚，又同为一个战壕里的同志，而且宋被刺时，陈就在身边，事后表现也可圈可点。在宋案中，虽然陈其美疑点重重，但并没有直接证据证明陈其美就是杀宋的幕后黑手。那些宋陈恩怨都是捕风捉影。
宋案已发生了近百年，这样的争吵在私底下就从来没有停过。
因为宋案当年没有真正经过司法程序开庭审理，二次革命就爆发了，所以从法律的角度讲，没有直接证据能够证明谁是刺杀宋教仁的幕后黑手。
这一百年来，人们情愿花大量的时间在“谁杀了……”上，谁也不愿意花时间想想，宋的事业为什么随着这个31岁年轻人的肉体消失，再也不能于“我国”引起哪怕一点点的涟漪？ 辛亥革命后，国内和国际舆论一致认为：中国当时的局面，只有袁世凯有资格、有能力出面收拾。这个能力，主要是指他拥有武装力量。
据美国陆军参谋处资料，当时，袁世凯的北洋系部队大约有16.4万人；而南方革命党的民军，据日本陆军武官估计约有40万人——人数的优势与它的缺乏训练、纪律不良、军械庞杂、缺少合格官佐的劣势相抵消。
1912年2月16日下午3时15分，外务部大楼，两天前还不肯剪辫子的袁世凯兴致勃勃，让蔡廷干为他剃了个光头。两天里发生了许多大事：孙中山辞去中华民国第一任临时大总统之职；南京参议院选举袁世凯为第二任临时大总统；孙中山亲电袁世凯：“民国大定，选举得人。”象征着旧时代的辫子可以革掉了。
掌握政权时，袁世凯53岁。他深知怎样使旧制度运转，但对新制度所知有限。事实上，他是一个旧式人物，孝顺、迷信、封建。
1912年，中国多数爱国人士都接受一个观点：中国在政治上落后于西方，因此必须迎头赶上，应该有一个国会代表人民，有一个内阁主持行政。
1912年3月，临时大总统袁世凯任命唐绍仪为总理并组内阁。这些阁员觉得他们应该听命于袁总统而不是唐总理，一如北洋嫡系“只知有袁宫保，不知有大清朝”。这个总理没有预算，没有党组织，没有靠山，没有权力。到6月，他只好辞职。
同盟会领袖宋教仁深深专注于代议制民主的西方理想，他已经起草了一部临时宪法。1912年8月，他发动同盟会4个小党派联合组成新党——国民党。他搞过一次全国性选举，大约5%的人口有选举资格。宋教仁希望用立宪手段管理国会，“驾驭袁世凯”，把他变成傀儡。
1913年3月20日夜，年方31岁的宋教仁在上海火车站遭枪击身亡。6天后，国民党人在长沙的追悼会上称袁世凯是“绝大之凶犯”。
暗杀，大约是20世纪初从日本舶来的，常与革命党人或“侠”如影相随，成为清末民初的一道风景。袁世凯坐在马车上遭遇过炸弹；晚清预备立宪，随五大臣出国考察的袁克定也见识过著名的人体炸弹吴樾（生前写过《暗杀时代》）；袁世凯的手下搞过暗杀，孙中山、陈其美、黄兴、蒋介石的手下也都搞过暗杀。
宋教仁案破得很快，3天里水落石出，牵连出袁世凯政府的内务部秘书洪述祖、内阁总理赵秉钧。但在庭审之前，凶手嫌疑人武士英突然暴毙在特别法庭的监狱里，几位涉案犯或下落不明，或逃到租界，人证都消失了。一时间，《民立报》、《民权报》上满是国民党人的讨袁檄文。一年后，赵总理被神秘地毒死，继任者是段祺瑞。
近年来，海外学者对这桩公案提出不少新证，认为宋教仁是国民党内部权力斗争的牺牲品——对破案出了大力的青帮大头目、国民党元老陈其美颇有嫌疑。陈其美最后也是在上海被暗杀的。
而上海东华大学廖大伟教授则从民初帮会与革命党交恶、与社会关系紧张的视角，重新阐释这一血案：应桂馨是中华国民共进会（1912年7月由青帮、洪帮、公口等帮会联合发起，成立于上海）会长，在社会转型中角色与地位与革命党形成落差，因而产生报复心理；宋教仁在国民党内的实际地位和未来政治角色，决定了他不幸被选为报复对象。
