（一）“本科教学工程”项目建设经费由中央财政、地方财政和高校自筹经费共同支持。中央部门所属院校的“本科教学工程”建设项目和公共系统建设项目的经费由中央财政专项资金支持；地方所属院校的项目列入国家“本科教学工程”的，建设经费原则上主要由地方财政或高校自筹经费支持。
中央财政专项资金按照统一规划、单独核算、专款专用的原则，实行项目管理。财政部将会商教育部制订《“十二五”期间“高等学校本科教学质量和教学改革工程”专项资金管理办法》（另发）。地方教育、财政主管部门或高等学校应制订相应的专项资金管理办法。项目承担学校和单位根据相应专项资金管理办法，具体负责经费的使用和管理。
（二）鼓励各地方根据区域经济发展特点，在做好“本科教学工程”国家级项目的基础上，积极筹措资金设立省级“本科教学工程”项目，支持本地高等学校提高质量。鼓励各高等学校根据学校特色，积极筹措资金设立校级“本科教学工程”项目。
（三）教育部成立“本科教学工程”领导小组，决定“本科教学工程”的重大方针政策和总体规划。领导小组下设办公室，具体负责“本科教学工程”的日常工作。各地教育主管部门和项目承担学校应指定相关部门作为专门机构，统筹负责本地、本校“本科教学工程”项目的规划和实施。
（四）领导小组办公室根据“本科教学工程”建设目标和任务，制订、发布项目指南和规划方案。学校建设项目的立项主要考虑高校布局、办学特色和改革基础等因素，采取规划布点的方式，减少项目评审，充分体现加强省级教育统筹和高校自主规划的思路。公共系统建设项目主要采用委托的方式审核立项。坚持立项公平公正，规范评审程序，实现阳光评审。加强立项监督，实行全程公示。
（五）项目承担单位按照统一部署，根据“本科教学工程”的总体目标和任务，依据所承担项目的要求，在充分调查研究论证的基础上，确定项目建设实施方案，组织项目实施，并保证项目建设达到预期成效。
（六）成立“本科教学工程”专家组,负责项目审核立项、咨询检查、绩效评估。领导小组办公室根据专家组意见，对有关地区或单位的项目、资金数量进行调整。
（七）项目资金的管理和使用情况应接受教育部及财政、审计等部门的检查、审计。
（八）项目建设完成后，领导小组办公室组织专家会同相关部门分别组织验收。“十一五”期间的“高等学校本科教学质量与教学改革工程”项目，要继续按照立项方案进行建设。教育部将在适当时候，根据项目性质和特点，分别组织检查验收。
