唐高祖武德九年六月初四，秦王李世民率兵杀了李和李元吉，并威逼自立为太子。这就是玄武门著名的变化。玄门事变爆发前，李世民召集戊己、方等人秘密开会。出人意料的是，刚刚落马的竟然参加了这次秘密会议，而一直关注生死的秦却没有参加。找而不是秦找，有什么不可告人的秘密吗？
一、尊德是李世民，秦琼是唐高祖。
毫无疑问，敬德来自李世民，对李世民忠心耿耿。但是为什么秦琼不是李世民人呢？让我们从头开始。
秦去了，没有去。当初秦是隋朝的大将，后来投瓦岗山，再后来投王，最后投唐。回到唐朝后，秦包书被唐元分配到秦王的帐下。被自己降服的和被别人指派的还是有差距的。
秦叛逃后，他连续作战，立下了汗马功劳，受到了曾祖父的嘉奖。尤其是白碧之战，打败了宋金刚，收复了河东，秦战功最大。唐高祖非常高兴。他封了柱国，赏了六千金。派人送了一个金瓶酒给秦，并对秦说：“你不顾妻儿，来见我，立了大功。如果我的肉可以吃，我应该给你，更不用说孩子们的婚姻了。你要以此为勉励，带领部下，为大唐再立新功”。秦一直忠于江湖，而一直对秦那么好。秦怎么可能做出对不起的事情，更何况是杀死自己的两个儿子？这不能不引起李世民的警惕。
第二，尊德与建元极之间存在不可调和的矛盾。
荆德武功独特，善于夺敌矛，刺之以退。李元吉不信尊德尚武高于自己，只好和他较劲。比赛中，景德三次拿李元吉的矛。李元吉虽然嘴上惊叹他的身手，但心里却十分嫉妒。李元吉曾多次派人刺杀景德。刺杀失败时，元吉多次在高祖面前说尊德的坏话，捏造罪名，说高祖信以为真。他下诏逮捕敬德，准备要求斩首。在关键时刻，李世民挺身而出，用事实驳斥了诬告，使尊重道德免于死亡。可以说，李元吉与尊德的矛盾已经白热化。李元吉必死，尊德必亡。李世民余敬德救了他的命。
李和德德之间也有许多矛盾。李健扩大了自己的羽翼，削弱了对方的实力，派人悄悄送了一车金银用具到尉迟敬德，并附了一封信表示愿意和他交朋友。景德当即拒绝，说：“我本来就是贱民，生活在叛军中间，罪有应得。不过多亏了秦王的光顾，我才得以重生，现在已经是将军了。我只想报答我的好意。但是我没有为殿下做过什么，所以不敢收重礼。”鼻子歪了，杀的太快了。
相反，虽然秦包书在秦王的帐下工作，但并没有与程健和元吉发生冲突。另一方面，参与玄武门之变的将领基本都是的忠臣，与、元吉有各种矛盾，如戊己、景德、侯等。
事实上，有些人不想参与这一事件。毕竟是一个消灭九族的活动。就李世民的亲信方和杜如晦而言。事发前，方、杜被高祖转出秦宫，不得再进。当李世民派孙昌无忌去秘密召唤他时，方推辞说：“皇上有令，不得再进。如果你今天私下进去，你会的
武德九年六月四日，李世民发动玄武门之变。尉迟敬德带头射杀了李元吉。东宫会得到消息前来报仇，在玄武门外与秦王的军队展开激战。尉迟恭将被建造，元极的头将被砍下公开展示。当所有的军队士兵看到领袖被杀，他们就会撤退。
吴门事变后，任命政变功臣，于与太子詹氏、戊己、杜如晦为左嫔妃，高士廉、方为右嫔妃，尉迟恭为左禁卫率，程知节为右禁卫率，前秦大臣俞士南为中校尉，楚良为门神，姚思廉为太子洗马。说到政变的贡献，长孙无忌和尉迟恭是第一，分别给了一万帛。高祖还称赞尉迟恭说：“艾青为国家的稳定做出了贡献。”把齐王郭汜的金银布帛都给尉迟恭。很明显，李源说这些话是违心的，是被胁迫的。
这一次，连都拜成了右后卫，却没有秦的份。李世民登基后，虽然给了秦包书左武威将军的称号，但也只是安慰奖，不能和宣武门的盟主相比。
玄门之变后，秦包书没有再领兵出征，基本等于被雪藏了。再加上多年的疾病缠身，身体十分虚弱，于贞观十二年病逝，一代名将至此陨落。
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