1、存储的方式不一样。比如身份证复印件是纸质版，只能人工储存。身份证扫描件可以存成电子文档。扫描是运用电脑扫描的，可以存成电子文档，也方便远程传递，如发邮件、上传等，还可以进行电脑处理。复印则只会按原来的样子产生一张纸质的图片，不能用网络传递和电脑处理，但是可以用邮局邮寄。
2、用途不一样，身份证复印件是一般性证明文件，只用于普通类档案管理。身份证扫描件远程传递，如发邮件、上传等，还可以进行电脑处理。
3、效果不同。有一个彩色合格证，用彩色打印机直接进行黑白复印，其中的红字变成黑色字了。如果用PHOTOSHOP把该彩色合格证先扫描下来，变成灰度图，然后再打印，其中的红字呈现浅灰色。直接复印件与扫描后再打印，效果不一样，复印件颜色深。（当然，如果进行彩色复印，与扫描后再彩色打印，颜色差别也有，但不如黑白打印这样明显）。
扩展资料
从证据角度来说，扫描件是图片，作为复印件的形式存在，从技术上可以被篡改，因此单单扫描件的证明效力是很低的，除非对方对扫描件认可，否则需要提供其它相关证据进行佐证，形成证据链条，扫描件才能作为定案证据，从而具有较高证明效力。
证明力最强的是加盖公章的合同原件！但在实务操作过程中存在某些实际困难以致无法获取原件，只能取得相关传真件或扫描件，虽然传真件和扫描件都具有一定的法律效力，但无论是扫描件、传真件还是原件，只要是合同，就一定要用公章，否则便谈不上证明力度。
如果是扫描件最好用彩色扫描，传真件、扫描件均需保留原件，必要时进行比对，才能真正具备法律效力。
参考资料来源：百度百科—复印
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