南通大学的专业涵盖理工科、文史类的学科，有，建筑学、机械工程、电子信息工程、环境科学、宇航科学与工程、材料科学与工程、能源与动力工程、化学工程与技术、土木工程、水利水电工程、仪器科学与技术、计算机科学与技术、自动化、管理科学与工程、经济学、法学、社会学，以及数学、物理学、化学等基础学科。
南通大学还开设了若干特色专业，比如旅游管理、电子商务、物联网工程，以及纳米科技、生物技术、高压电力等，这些都是南通大学的特色专业。
拓展方面，南通大学还提供很多继续教育课程，以及多学科跨学科的专业课程，以满足社会对复合型人才的需求。
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