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2006年以来，中山医学院不断完善研究生招生、教育、培养、保质的政策、措施和制度，进一步调动研究生从事科学研究的积极性，过研究生课程改革和培养机制改革，充分发挥研究生在教学和科研中的作用。本学科从2007级新生开始多方面实施硕士研究生公共课程体系改革，在原来课程基础上进行优化组合，并新开设《学术规范与实验室安全》、《医学研究(SCI)论文剖析》、《医学前沿讲座》、《医学实验方法学》等紧贴医学科研实际，扩充研究生科学视野的新课程，受到广大师生的欢迎。此外也对博士生课程进行了改革，打破各课程界限，将原有课程统一集合到相关度较高的《神经科学进展专题》、《心血管研究专题》、《肿瘤学进展专题》、《病原生物学与免疫学进展》和《遗传学疾病专题》等五大专题讲座课程内，以构建更加完善的课程体系，并从2008级新生开始实施。
经过改革，新课程体系中硕士生公共课从76门减少至48门，博士生课程从26门减少至18门。公共课程均在入学后第一学期内安排，以此大幅度增加研究生参加科学实践时间。在具体教学过程中，我们遵循“既授之于鱼，也授之于渔”原则，注重教学方式多元化，尽量减少课堂教学，而多采用读书报告、课堂讨论及学术专题等形式进行，从而既达到传授知识的目的，更重要是实现了传授获取知识的方法。此外，学院还定期、不定期地举行学术讲座和学术交流活动，安排来访的国内外知名科学家来学院学术讲座，鼓励研究生听讲座并按规定授予学分。出台《博士研究生生活补助发放的暂行规定》，以提高博士研究生生活费，并以此加强导师在研究生管理中的主导作用，此举得到学校的高度赞赏，并由此成为学校对研究生培养经费实施重大改革的先行。
近五年来，中山医学院研究生生源开始转向多元化，培养质量取得进步性进展。以研究生为第一作者已累计发表SCI收录文章200多篇，获全国百篇优秀博士论文1篇、提名奖1篇，获得南粤优秀研究生奖学金48人、光华奖学金3人(博士)。我们培养的许多研究生已成为国家、广东省或国外科学研究各领域的骨干和领头人。
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