西宁市人民防空办公室设有四个主要内设部门，各司其职，为防空工作提供全方位的支持与管理。
首先，综合处（财务物资处）主要负责机关的日常行政事务，包括政务处理、文件起草、会务安排、保密工作以及后勤保障。他们处理人事和机构编制事务，负责接待和外交事宜，负责人民防空信息统计，以及离退休干部的管理工作。此外，他们还负责管理防空经费和物资，编制预算，并进行财务审计，同时对国有资产进行清查、登记和日常监督。
其次，工程技术处主要负责人民防空工程的规划、建设和管理。他们制定实施办法和发展规划，负责工程的审批、设计审查、施工监督，确保工程质量。此外，他们还要监督地下空间的开发，确保人防功能的兼顾，并管理工程的平战功能转换。他们还负责疏散区域建设方案的制定以及相关资质认定和市场准入制度的拟订。
指挥通信处是防空指挥的核心，他们制定城市防空计划和应急方案，指导专业队伍建设和防空演习。他们负责通信设施的管理和监督，推进防空防灾一体化，并参与突发公共事件的应急处理。在战时，他们组织群众防空斗争，配合城市防卫和要地防空作战。
最后，政策法规处是法制保障的关键部门，他们负责法律、法规的执行和监督，草拟和修订相关法规，进行行政复议和诉讼工作，同时推动防空法制教育和防灾知识的普及。