软件著作权的登记流程是：向中国版权保护中心提交按要求填写的软件著作权登记申请表；软件的鉴别材料；相关的证明文件。中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合法律规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
我国实行计算机软件著作权登记制度。著作权从软件完成之日起就自动产生，登记并不是权利产生的必要条件。依据《计算机软件著作权登记办法》的规定，申请审批流程分为受理、审查、登记三个阶段。申请人在提出申请时，应按《作品自愿登记试行办法》的规定提交有关证明和材料：1、填写作品登记申请书、作品登记表、权利保证书各一份，提交作品原件及复印件、作品说明书(说明创作构思、作品主要特点及内容等)各一份;2、申请人身份证明;3、委托创作作品申请登记的，著作权人还应提交著作权人及创作者的身份证复印件(著作权人或创作者是单位的，应提交营业执照或法人代码证的复印件、法人代表的身份证复印件)、委托创作合同或协议的原件及复印件各一份;4、合作作品申请登记的，还应提交合作作者的身份证复印件(合作作者是单位的，应提交营业执照或法人代码证的复印件、法人代表的身份证复印件)、合作创作合同或协议的原件及复印件各一份;5、职务作品申请登记的，应提交作者的身份证复印件、著作权人或专有使用权人的营业执照或法人代码证的复印件、法人代表身份证复印件、聘用合同及著作权归属证明原件及复印件;6、美术作品或摄影作品申请登记的，申请人除按上述情况提交有关材料外，还需提交作品照片两张(不大于3R，可电脑打印)，一张贴在“作品登记申请书”左下方空白处，并在上面盖骑缝章，另一张随材料提交。第二十八条申请软件登记或者办理其他事项，应当交纳下列费用：(一)软件著作权登记费;(二)软件著作权合同登记费;(三)变更或补充登记费;(四)登记证书费;(五)封存保管费;(六)例外交存费;(七)查询费;(八)撤销登记申请费;(九)其他需交纳的费用。具体收费标准由国家版权局会同国务院价格主管部门规定并公布。第二十九条申请人自动撤回申请或者登记机关不予登记的，所交费用不予退回。第三十条本办法第二十八条规定的各种费用，可以通过邮局或银行汇付，也可以直接向中国版权保护中心交纳。登记申请第一条申请登记的软件应是独立开发的，或者经原著作权人许可对原有软件修改后形成的在功能或者性能方面有重要改进的软件。第二条合作开发的软件进行著作权登记的，可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理。著作权人协商不一致的，任何著作权人均可在不损害其他著作权人利益的前提下申请登记，但应当注明其他著作权人。第三条申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;(二)软件的鉴别材料;(三)相关的证明文件。第四条软件的鉴别材料包括程序和文档的鉴别材料。程序和文档的鉴别材料应当由源程序和任何一种文档前、后各连续30页组成。整个程序和文档不到60页的，应当提交整个源程序和文档。除特定情况外，程序每页不少于50行，文档每页不少于30行。第五条申请软件著作权登记的，应当提交以下主要证明文件：(一)自然人、法人或者其他组织的身份证明;(二)有著作权归属书面合同或者项目任务书的，应当提交合同或者项目任务书;(三)经原软件著作权人许可，在原有软件上开发的软件，应当提交原著作权人的许可证明;(四)权利继承人、受让人或者承受人，提交权利继承、受让或者承受的证明。第六条申请软件著作权登记的，可以选择以下方式之一对鉴别材料作例外交存：(一)源程序的前、后各连续的30页，其中的机密部分用黑色宽斜线覆盖，但覆盖部分不得超过交存源程序的50%;(二)源程序连续的前10页，加上源程序的任何部分的连续的50页;(三)目标程序的前、后各连续的30页，加上源程序的任何部分的连续的20页。文档作例外交存的，参照前款规定处理。第七条软件著作权登记时，申请人可以申请将源程序、文档或者样品进行封存。除申请人或者司法机关外，任何人不得启封。第八条软件著作权转让合同或者专有许可合同当事人可以向中国版权保护中心申请合同登记。申请合同登记时，应当提交以下材料：(一)按要求填写的合同登记表;(二)合同复印件;(三)申请人身份证明。第九条申请人在登记申请批准之前，可以随时请求撤回申请。第十条软件著作权登记人或者合同登记人可以对已经登记的事项作变更或者补充。申请登记变更或者补充时，申请人应当提交以下材料：(一)按照要求填写的变更或者补充申请表;(二)登记证书或者证明的复印件;(三)有关变更或者补充的材料。第十一条登记申请应当使用中国版权保护中心制定的统一表格，并由申请人盖章(签名)。申请表格应当使用中文填写。提交的各种证件和证明文件是外文的，应当附中文译本。申请登记的文件应当使用国际标准A4型297mmX210mm(长X宽)纸张。第十二条申请文件可以直接递交或者挂号邮寄。申请人提交有关申请文件时，应当注明申请人、软件的名称，有受理号或登记号的，应当注明受理号或登记号。审查和批准第十九条对于本办法第九条和第十四条所指的申请，以收到符合本办法第二章规定的材料之日为受理日，并书面通知申请人。第二十条中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合《条例》和本办法规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。第二十一条有下列情况之一的，不予登记并书面通知申请人：(一)表格内容填写不完整、不规范，且未在指定期限内补正的;(二)提交的鉴别材料不是《条例》规定的软件程序和文档的;(三)申请文件中出现的软件名称、权利人署名不一致，且未提交证明文件的;(四)申请登记的软件存在权属争议的。第二十二条中国版权保护中心要求申请人补正其他登记材料的，申请人应当在30日内补正，逾期未补正的，视为撤回申请。第二十三条国家版权局根据下列情况之一，可以撤销登记：(一)最终的司法判决;(二)著作权行政管理部门作出的行政处罚决定。第二十四条中国版权保护中心可以根据申请人的申请，撤销登记。第二十五条登记证书遗失或损坏的，可申请补发或换发。