大额存款的外延比较宽泛，对小银行来说5万以上也叫大额存款，但对大银行来说可能20万以上才叫大额存款，所以要与结构性存款比较是比较困难的。故这里的大额存款应该是指商业银行发行的大额存单，二者的区别有哪些呢？概念不同。大额存单是由银行业金融机构面向非金融机构投资者发行的以人民币计价的记账式大额存款凭证。而结构性存款是指商业银行吸收的嵌入金融衍生品的存款。
性质不同。按照官方解释，大额存单属于存款类金融产品，是银行一般性存款；而结构性存款虽然是存款类金融产品，但不属于一般性存款。风险等级不同。大额存单属于保本保息固定收益类产品，且受存款保险条例保护，50万之内几乎零风险；而结构性存款无论保本型还非保本型，收益都是浮动的，且只有投资于存款部分受到存款保险条例保护，挂钩衍生品部分本金并未纳入保险范围，因此其综合风险等级高于大额存单。起存金额不同。大额存单按照监管规定，个人投资者至少20万起存，机构投资者1000万起存；结构性存款目前多数银行是5万起存。支取方式和收益计算规则不同。大额存单可以提前支取，且利率靠档计算。到期支取的，利息以票面利率执行；而结构性存款不能提前支取，到期收益率由银行投资实际盈亏状况决定，没有固定收益率。
投资结构性存款，需要特别注意以下两点:1.结构性存款收益波动较大。在2019年1月到期的结构性存款中有708只到期，未达到预期收益率的有143只，未达标率20.2%，且平均收益率只有3.82%，并不像吹嘘一样高。而非结构性理财产品未达标率仅0.05%，且平均收益率达4.38%。2.结构性存款容易与结构性理财混淆。按照监管要求，发行结构性存款的金融机构必须要有衍生品交易业务资质，但是就目前4000多家金融机构来说，有资质的中资银行仅有53家，包括5家国有银行，11家全国性股份制银行，22家城商行和15家农商行。外资银行和外国银行有72家，比中资银行还多。所以，有时候个别银行会把结构性理财包装成结构性存款进行销售，需要投资者注意区分。