鄞州区教育局设有多个职能科室，各司其职，确保教育工作的高效运行。以下是各个科室的主要职责：
1. 办公室：负责综合协调日常政务，制定并监督局机关规章制度，组织重要会议，处理文电、信息等工作，起草综合性文件，进行合法性审查，办理人大代表建议和政协提案，实施工作目标责任制，以及行政复议等工作。同时，负责对外联络、信息发布和教育涉外事宜，管理机关资产和信息化工作，指导教育系统社团，选调工作人员。
2. 组织人事科：负责学校党建工作，制定师资队伍建设规划，管理教育系统干部、教师，负责干部选拔、考核等工作，管理教师资格认定，指导人事制度改革和教师招聘，协调学校内部管理，指导教师流动和统战工作，以及教育系统人才工作和评优评先事宜。
3. 计划财务基建科：负责教育事业发展规划和年度计划，指导教育布局调整，监督中小学危房改造，编制招生计划和基建计划，监督学校建设项目，管理教育经费和教育基建投资，进行统计工作，指导信息技术教育和后勤改革，负责教育协作和扶贫工作。
4. 普通教育科：负责普通教育的综合管理，参与制定教育发展规划，管理中学招生和学籍，协调特殊教育和九年义务教育，指导教学改革和德育工作，监督语言文字使用，推进普通话推广。
5. 职教成教科：负责中等职业教育和成人教育的管理与协调，指导职业教育结构调整和专业设置，监督教育质量，指导社区教育和社会力量办学。
6. 学前教育科：落实学前教育政策，规划并监督幼儿园的规范办学和保教工作，指导幼儿园卫生保健，审核幼儿园办园资格和等级评估，培训教师，审定招生计划，建立教育教学资料档案。
7. 监察安全科：负责纪检监察、效能建设，监督学校收费，处理群众来信来访，管理学校安全，部署和考核校园安全工作，参与安全事故调查，维护师生权益，以及法制教育。
8. 督导科：承担政府教育督导工作，监督教育法律执行，评估学校发展水平和质量，指导各级学校办学方向和效益评估。
此外，还有区高等学校招生委员会办公室，负责高校、职高、中专、成人高校的招生工作，以及高（中）等教育自学考试和学历文凭考试的管理指导。