安徽医科大学附属医院在过去的四年里，取得了显著的科研成果。医院积极参与了多项国家级项目，包括中国银屑病易感基因研究和大别山隔离人群遗传资源调查，共计承担200多项国家863计划、973计划以及国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等课题。尤为突出的是，2004至2007年间，医院获得了34项国家自然科学基金的资助，这些成就显著，其中2007年更是收获颇丰，荣获国家科技进步二等奖和教育部自然科学一等奖，连续两年获得中华医学科技一等奖，填补了安徽省医疗行业在国家级奖项上的空白。
科研论文方面，医院共发表了2137篇论文，出版了103部专业著作，主办了包括《肝胆外科杂志》、《临床骨科杂志》、《临床眼科杂志》、《临床护理杂志》和《临床肺科杂志》在内的五种国内外公开发行杂志。这展现了医院在学术领域的深厚底蕴和影响力。
国际交流方面，医院与美国、荷兰、日本、香港等国家和地区的科研机构建立了紧密的合作关系，这不仅推动了医院的科研进步，也提升了其在国际医学领域的地位。
在2007年的全国医院排名中，内分泌科的表现尤为亮眼，位居第八名，彰显了医院在该领域内的专业实力和竞争优势。
安徽医科大学第一附属医院前身为上海东南医学院附属东南医院，创办于1926年。1949年响应党和政府号召，随校内迁至安徽怀远县，1952年再迁至合肥市。经过80多年的发展，医院已成为国家卫生部三级甲等医院，全国卫生系统先进集体，卫生部临床药理基地，安徽省文明标兵单位，是安徽省规模最大的、集医疗、教学、科研、预防、康复、急救为一体的综合性教学医院。