自考大专生在学习期间的档案统称为“学籍档案”，毕业时，自考大专生的学籍档案材料原件应尽快归到自己的人事档案中，存入相关人事部门。自考大专生的学籍档案主要包括《毕业生登记表》和《考生毕业审定表》，内容包括该毕业生姓名、专业、区县、每次参考时间、准考证及身份证号码、联系电话、毕业审核部门签署意见等重要证明信息。
自考大专毕业申请审核通过后，市考办会将自考生毕业证书和学籍档案材料原件密封后，发到自考大专生手中，自考大专生根据个人情况采取合理方式归入个人档案。
自考大专生根据就业情况可以分为：有单位自考生、没有单位自考生两大类。在没有单位的自考生中，很大一部分为高中毕业后直接进入全日制自考的学生。有单位的自考生(单位具有人事管理权即具有人事档案管理部门)，毕业后可将学籍档案材料送到本人单位人事部门，人事管理人员会将自考学历档案归入其个人档案，在以后需要职称评定、升职等需要时起相关作用。没有工作单位的考生，根据自己个人档案存放方式采取归档，如放置在人才交流中的可交人才交流中心人事管理人员归入自己的档案，放置在街道办事处的也可交由该部门进行归档。
高中毕业后直接参加自考大专的这部分考生，首先要回原高中学校问询自己档案所在何处(高中档案管理处或已派发到户籍所在街道办事处)，然后将自考学籍档案交由档案管理部门和个人档案归档即可。
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