锻炼引起肌肉酸痛的原因，至今还没有研究清楚。比较主要的说法有两种：
（一）损伤学说，认为是由于肌纤维或肌肉中结缔组织损伤引起；
（二）痉挛学说，认为局部肌肉痉挛，造成局部缺血而产生一种致痛物质，该致痛物质又引起肌肉酸痛。目前国内外一些学者通过电子显微镜的研究镜的研究发现肌酸痛。目前国内外一些学者通过电子显微镜的研究发现肌酸痛时，肌纤维内结构（如肌原纤维，线粒体等）发生明显变化，因此不不能排除肌纤维损伤的可能。
既然，肌酸痛有极大可能是由于肌纤维损伤引起的，因此在肌肉酸痛期，运动量应该减小，锻炼时要慎之又慎。建议牵涉到酸痛部位肌肉的动作尽量少练或不练，以休息为主；与酸痛部位肌肉的练习（动作不可太猛，要缓慢、放松）、洗热水澡、针刺、按摩等，可缓解肌肉酸痛，促进机能恢复。
肌肉酸痛和恢复标准
健美训练主要是重量训练，重量训练是短时间、高强度的肌肉运动，属于典型的无氧训练。无氧训练会使肌肉酸痛，这是无氧代谢的副产品--乳酸堆积在肌肉里造成的。那么，肌肉酸痛的时候能否坚持训练呢？弄清这个问题要先了解以下几个概念。
一、ATP供能。ATP（三磷酸腺苷）是肌肉活动唯一的直接能量来源。在酶的催化作用下，ATP迅速分解并释放能量，以供肌肉收缩之需。肌肉中ATP储量很少，必须边分解边合成，才能供给肌肉持续活动的需要。供ATP分解后再合成的能源有三个途径，一是糖与脂肪的有氧氧化，二是CP（磷酸肌酸）的分解，三是糖元的无氧分解。
二、无氧代谢。无氧代谢是人体能量代谢的组成部分。当肌肉进行短时间、高负荷运动时，氧的供应量不足以进行糖的有氧氧化，肌肉即利用CP和糖的无氧分解所释放的能量再合成ATP,以供肌肉运动之需。
三、糖的无氧分解。糖的无氧分解是在氧供应不足的情况下，糖原或葡萄糖分解为乳酸，同时快速释放能量合成ATP，以供肌肉收缩所需。因为CP在肌肉中储量也很少，所以糖的无氧分解是无氧代谢的主要供能方式。
糖无氧分解的代谢产物是乳酸，肌肉酸痛的感觉就是乳酸大量堆积造成的。肌肉中无氧代谢产生的乳酸不能在肌肉内逆转为糖，而是少部分被氧化，大部分由血液输送到肝脏，转变为肝糖原。
由上可知，重量训练后的肌肉酸痛是必然的，只有乳酸不断地通过血液循环进入肝脏转变为糖原，肌肉酸痛才会逐渐消失。而这一过程是训练后恢复过程的一部分。
乳酸是一种强酸，它在体内积聚过多会使体内酸碱度的稳定受到破坏，从而使机体工作能力降低。许多健美运动员的经验证明，肌肉酸痛时坚持训练，肌肉感觉不刺激，很难练涨。而且肌肉酸痛会使肌肉的本能反应趋向排斥肌肉运动，所以很难集中意念进行训练，更不用说建立肌肉---意志联系了。因此最好是等到肌肉酸痛现象消失后再训练。尽管你的训练热情很高，训练欲望很强烈，但你要明白：没有充分的恢复，肌肉就不可能充分生长。
那么，肌肉酸痛现象的消失能不能作为机体充分恢复的标准呢？了解这个问题需要先弄清“恢复”的概念。
健美训练消耗和恢复的过程分三个阶段：
第一阶段：运动时，消耗过程占优势，由于能量物质的消耗大于恢复，所以运动时能量物质逐渐减少，肌肉和身体各系统的工作能力逐渐下降。
第二阶段：运动后的恢复阶段。运动停止后消耗过程减弱，恢复过程占优势，这时能量物质和各器官系统功能逐渐恢复到原来水平。
第三阶段：超量恢复阶段。集体内能量物质的再生与合成进一步加强，运动时被消耗的物质不仅恢复到原来水平，而且在一段时间内超过原来的水平，此时机体的工作能力最强。这成为超量恢复或超量补偿，随后又逐渐回到原来的水平。
“超量恢复”是健美运动的重要理论依据。在进行高强度、超负荷的重量训练后，肌肉能否充分生长即取决于超量恢复的水平。因为超量恢复使肌纤维中能量物质的储存高于以往，肌肉围度增大，负荷能力增强，此时是投入训练的最好时机。可以说，充分恢复的标准就是“机体能否最大限度的超量恢复”。超量恢复使ATP、CP、肌糖原、蛋白质等能量物质的超量补偿和存储的过程，而“肌肉酸痛的消失”只是乳酸转变为部分糖原的过程。可见，“肌肉酸痛的消失”并不代表超量恢复，所以也不能作为充分恢复的标准。
直观地讲，超量恢复后，由于能量物质的超量补偿，训练部位的肌肉发胀、发硬，肌肉围度增大，故此时开始更大负荷的训练效果最好。否则，肌肉中供能物质的存储量逐渐降低，就错过了时机。
最后要说明的是，超量恢复是建立在两个基础上的，那就是充足的营养和充分的睡眠。肌肉在超负荷工作后，碳水化合物和蛋白质等营养的补充是超量恢复的物质基础，充分的睡眠能有效恢复精力，更重要的是大部分能量物质的合成、再生基本上在睡眠时进行。所以决不可轻视营养和睡眠这两个重要环节，否则将得不偿失，事倍功半。
参考资料：
http://www.yelg.com/ArticleShow.asp?ArticleID=2488