由交通运输部管，下面叙述更全面：
2002年1月7日国务院下发《关于长江港航公安管理体制改革有关问题的批复》，其中规定“长江航运公安局由交通部公安局领导，其党政关系由交通部委托长江航务管理局管理。长江航运公安局所属公安机构由长江航运公安局统一垂直管理，公安业务工作实行长江航运公安局和所在地公安机关双重领导，以长江航运公安局领导为主。”“长江港航公安机构为行政机构，公安民警纳入国家行政编制。”“长江港航公安机构所需经费由中央财政负担；长江港航公安机构的基本建设投资纳入交通部计划渠道。” 目前，长江航运公安局下设：四川泸州，重庆、万州，湖北宜昌、荆州，武汉，黄石，湖南岳阳，江西九江，安徽安庆、芜湖，江苏南京、镇江、苏州、南通，上海等16个公安分局，长江航运人民警察学校（交通公安民警培训中心）。
参考资料：来源：交通部长江航务管理局