从总体上看，历代中央行政中枢制度经历了秦汉、唐宋、明清三个重要演变阶段。
秦汉时期，秦朝在中央确立了皇帝制度和三公（丞相、御史大夫、太尉）九卿制度；汉武帝实行中外朝制度，中朝由皇帝左右的亲信近臣组成，是决策机构，而由丞相、御史大夫等组成的外朝是执行机构。
隋唐时期：中央确立了三省六部制，三省中的中书省负责草拟政令，门下省负责审核，尚书省是执行机构，下设吏户礼兵刑工六部。三生的长官都是丞相，削弱相权，加强皇权。
宋朝：实行二府三司制。其中的二府是枢密院和中书门下，长官分别是枢密使、枢密副使和中书门下平章事及参知政事，其中参知政事分割宰相行政权。
元朝：相权反弹。中书省是最高的行政机构，行省是中书省的派出机构，重大行政事务需向中书省呈报，对中书省负责；枢密院是最高军事机构。
明朝：明太祖朱元璋鉴于丞相专权乱政，妨碍皇权，因此废丞相，权归六部，六部的长官对皇帝负责；废丞相导致皇帝政务缠身，因此明成祖设立内阁，是帮助皇帝处理政务的内侍机构。
清朝：为解决西北军务，雍正帝设立了军机处。军机大臣均由皇帝钦定，一切秉承皇帝旨意办事，君主专制达到顶峰。
不同历史阶段政治制度的变化：
1、先秦时期的政治制度
先秦是中国古代政治制度的开创时期，也是中国古代奴隶制国家政治制度的形成与发展时期。先秦政治制度经历了从禅让制到世袭制、从内外服制到分封制的转变。
世袭制取代禅让制，是符合历史发展规律的进步。原始民主制在进入文明时代后，还在一定程度上遗存，但是，意见是否能够被采纳，仍然取决于君主的意志。
2、秦朝的政治制度
先秦政治制度在秦朝发生了重大转折，秦朝政治制度开整个中国封建社会政治制度之先河，具有重大历史意义。皇帝制度的核心是皇位世袭，皇帝在处理政务上往往采取廷议的形式，体现了一定的民主性，有利于减少决策的失误。
3、两汉至明清时期政治制度的演变
从宏观上看，中国古代中央行政制度经历了从三公九卿向三省六部制的演变历程，而其中变化最大的是中央行政中枢组织，这也是本部分的重点、难点所在。
中国古代地方行政制度是围绕中央集权的方向发展起来的，加强中央集权是历代地方行政层级不断废置、增减的重要原因。从总体上看，地方行政层级呈现出不断增多的趋势。
以上内容参考：百度百科-中枢政制