目前消毒方法有：
一、物理消毒
二、化学消毒
物理消毒：
一、紫外线消毒
常用形式：在车间顶棚上均布
紫外线杀菌灯，利用其产生的紫外线辐射进行物体表面和空气的消毒灭菌。
优点：
操作简单，价格便宜，管理方便，机动灵活，可以根据生产需要随时进行个别房间的消毒灭菌，不添加、不产生任何有毒有害物质；。
缺点：
1、
紫外线灯射出的
紫外线强度，随着使用时间的增加而减弱，因而消毒灭菌能力不断减弱。
2、紫外线穿透力弱，容易被生产设备阻挡，出现死角，影响杀菌效果。
3、紫外线杀菌受
相对湿度的影响较大，当洁净室内相对湿度>60%时，其灭菌效果明显减弱，相对湿度>80%时，不宜使用。
4、紫外线辐射能量低，仅能杀灭直接照射到的微生物，因此，必须使消毒部位充分暴露于紫外线下。
5、紫外线照射物体表面距离不宜>1.50m
6、工作中有人时不可使用
二、空气过滤
空气过滤是利用物理阻留的方法去除空气介质中的尘埃和微生物。
食品制造中，特别是包装工序，应该进行无菌(净化)包装时，要求有净化的环境(净化室)，共中的净化装置对空气的净化效果是十分明显的。这种净化室是把经过过滤后的空气再净化进入特定的环境，经热杀菌后的食品进入该环境冷却后包装。这里的食品包装净化环境相当于实验室内的
超净工作台，可做到无菌包装。
化学消毒：
一、化学剂熏蒸消毒
熏蒸消毒是利用消毒药物气体或烟雾，在密闭空间内进行熏蒸达到消毒目的。该方法既可用于处理室内空气(污染的空气)，亦可用于处理污染的表面。食品生产经营场所应定期实施熏蒸消毒，以保证生产场所及空气的清洁。
熏蒸的产品现使用较多的（甲醛，
高锰酸钾，过氧乙酸，
二氧化氯），提醒食品企业请勿使用甲醛，高锰酸钾来熏蒸。
现为什么不建议食品企业使用甲醛熏蒸法来对车间空气消毒
1、消毒灭菌作用时间长，影响生产。如甲醛熏蒸：消毒时间12h，静置4 h，排风8h，消毒一次最少需要24 h。消毒一次要停产2~5天。
2、为了排除刺激性气味，消毒灭菌后长时间开启通风系统，非生产运行时间过长，能源浪费大。
3、需要设置排风系统或设施。
4、易产生二次污染。如甲醛熏蒸会出现
多聚甲醛聚合物(白色粉末)，附作在洁净室内的维护结构和设备管道表面上，在消毒后几天内，其悬浮离子数会增加，甲醛聚合物也逐渐解聚成甲醛，对生产