昆仑山及其邻区，是由一系列微地块和显生宙以来不同时期的多个造山带组合而成的复合型大陆造山带。因此，地层区划按照活动论时空转化的“断代地层区划”思路，分太古宙—古元古代、长城纪—青白口纪、南华纪—早古生代、晚古生代—三叠纪以及侏罗纪以来5个阶段分别建立地层区划，从而构成研究区的动态地层区划系统。具体划分原则如下：
1）综合考虑由构造运动性质决定的沉积建造性质，由古地理、古气候环境决定的沉积类型及其受上述条件所控制的古生物群落构成的不同生物区系等多种因素，在综合分析基础上建立地层分区系统。具体而言要侧重：①地层发育情况，即基底和盖层发育情况，地层间断（平行不整合和角度不整合）、地层厚度等；②沉积建造类型，即稳定型与活动型，海相、陆相，深水与浅水等；③生物群面貌、生物地理区系等。
2）从地层出露情况及研究程度不同的实际出发，各个断代地层区划的详简程度有区别。对于太古宙—古元古代、长城纪—青白口纪两个断代，地层区划只划分到一级。南华纪—早古生代、晚古生代—三叠纪两个断代地层分布广，发育较完整，是地层区划的重点。依据现今地表自然分布与构造地层格架的一致性，将青藏高原北部微地块与造山带都作为独立的区划单独划分，一般划分到二级；对于具有特殊构造意义的某些二级区进一步划分到三级。侏罗纪以来海陆格局、盆山结构便于恢复，地层区划相对简单。
3）区划系统中一、二级地层区的界线要选择具体的客观存在的地质界线，一般与相应的构造单元边界一致。
4）鉴于造山带地层发育的自身特点，不强调同一地层区内大体同时代岩石地层单位划分的完全一致性，不强调同时代地层在组成上的完全可以对比性。前者因为造山带内包容有次级微地块，虽处相同地层区内，但不同微地块上的地层之间常有差异，会出现一些次级岩石地层单位，因而不强求同一地层区内同时代岩石地层单位完全相同，这也是研究程度差异的客观反映；后者原因在于虽然其同处于一个陆块，但其边缘与内部的沉积各有其特点，它们的组成差异正是该时期沉积盆地古地理格局的客观反映。
5）现代研究表明蛇绿岩组合的形成有弧前、弧后、洋中脊等多种构造环境，对依据现有手段能够确定是弧后或弧前环境蛇绿岩残留体的构造带一般不作为次级（三级）地层区划界线，将其归并到相应的构造单元，但也有例外。对昆中北地区呈构造混杂岩或孤立岩块产出的多期蛇绿岩及层状超镁铁杂岩，由于其区域展布不详、属性不清，有部分被作为次级（二、三级）地层区划的界线。