晚清慈禧当政，通信发达，追捕康有为的命令无人敢怠慢，为何康有为最终能离奇、侥幸地逃脱？这既是贵人相助，又是阴差阳错，更是老天眷顾。事实上，在政变发生的前三天，康有为就离开了京城。
康有为的幸运与光绪的先觉先知有直接的关系。其实，光绪早就觉察到了危险，但他还有重新再来的念头，为保留变法骨干，唯一办法就是让康有为尽快离京。为此，1898年的9月17日，他发出紧急上谕，命康有为迅速前往上海，督办官报局，不得迁延观望。
这电报把康有为弄懵了，皇帝为何追自己迅速去上海，督办官报局呢？9月18日，又接到光绪的“衣带诏”，朕今命你督办官报，实有不得已之苦衷，你必迅速前往，不可延迟。此时康有为恍然大悟，明白了皇帝的用意，痛哭流涕跪地磕头，于当晚迅速离京。
经查，康有为已逃往天津。在天津的荣禄接到电报，带兵直奔塘沽码头。可惜还是晚了一步，“重庆号”英轮已离开塘沽。于是，立即调来快艇追赶，结果因仓促出海、燃料不足追至半途而返回。
因为“重庆号”英轮还经停烟台、上海，荣禄向沿线发出了密拿康有为的密电。但烟台道台有事去了胶州没有及时收到电报。康有为根本不知道捉拿他的事，在烟台海边还悠闲地散步、购物。也有说是他的朋友在烟台与他会合，进行了全程保护。
10月27日，康有为抵达日本神户港，但清政府早已料到康有为会逃亡日本，就及时通电日本政府，要求不得接收康有为避难。当康有为一到日本，清政府驻日公使李盛铎立即照会，要求日本政府配合缉拿康有为。被扣留在海关的康有为正在绝望之时，日本政府枢密顾问官品川弥二郎，以康有为是维新党首领，在华人圈有相当的号召力为理由，积极游说日本高层，允许康有为避难。如果不然维新党一旦上台，日本将很被动。就这样日本政府秘密将康有为留在日本。
然而，康有为在日本并不顺利，主张他在日本避难的大隗重信内阁不幸倒台，而反对他的山县内阁上了台。山县内阁认为康在日本有碍了对华关系。很快，康有为成为日本不受欢迎的人。无奈，康有为又走上了逃亡之路，这一走就是16年，他走了五大洲、四大洋，足迹遍用42个国家和地区。直到清朝灭亡，也没有回到中国。
戊戌变法触动了诸多反对派的利益，甚至威胁到了慈禧的权利。此时，慈禧太后坐不住了，她于1898年9月19日离开颐和园，前往紫禁城。光绪曾给康有为下了道上谕，命康有为前往上海办报，并且警告他"毋得迁延观望"。这是感到危险的光绪帝给康有为的政治暗示。康有为深感不妙。他找到英国传教士李提摩太，希望请英国公使帮助光绪皇帝，李提摩太没有答应；他又前往拜访日本前首相伊藤博文，请他游说慈禧太后。伊藤博文也没有答应。