支付宝的最大个人持股是马云，但最大股东是日本的软银。
马云本人在支付宝持股比例，不会高于持股比例7.3%。
阿里小微，也就是支付宝的母公司浙江阿里巴巴电子商务有限公司公布了自己的股权架构，40%的股份用作全员的股权激励，60%的股份用于引入战略投资者。小微金服的公告里说，马云在小微金服的股权不会高于他在阿里集团的持股比例。而公开数据显示，马云在阿里集团目前的持股比例大约是7.3%。也就是说马云在阿里小微的持股比例也不会超过7.3%。
在2009年6月份以前，支付宝由阿里巴巴集团旗下的AlipayE-commerce公司70%控股。同年8月，浙江阿里巴巴又以1.65亿收购剩下的30%股权。
2009年6月份，浙江阿里巴巴电子商务有限公司（由马云持股80%，另一位阿里巴巴创始人谢世煌持股20%）以1.67亿收购支付宝的70%股权，2010年8月又以1.65亿收购剩下的30%股权。由于浙江阿里巴巴在今年一季度前由阿里巴巴集团协议控制，故两次转移属于集团内资产划转。
2011年一季度，由于央行要求申请牌照的支付企业对外资持股情况做出声明，马云中止了阿里巴巴集团对浙江阿里巴巴商务有限公司的控制协议。