浙江省农村土地综合整治的实施得到了多渠道的资金支持。首先，项目资金来源于各级财政的专门安排，以及省留成的新增建设用地土地有偿使用费中的省级补助，这些资金被称为省补助资金。此外，省财政还会将一部分新增建设用地土地有偿使用费分配给市、县，以及地方在土地收益中安排的项目资金。
资金的使用主要集中在农用地、建设用地和未利用地的整治工程，以及安置新村的基础设施建设上。省补助资金更是专门用于这些工程的直接费用，具体包括土地平整、青苗补偿、配套设施建设和耕作层覆盖等。
省补助标准根据项目等级和市县分类有所不同。省级示范项目（不包括宁波），一类市县每个项目补助100万元或90万元，具体数额取决于分类和是否位于中心村。非宁波的一类市县项目补助为50万元或40万元，同样视分类和中心村情况增加10万元。另外，对于宅基地复垦，每复垦一亩耕地将获得6000元的奖励。
资金拨付方面，省级示范项目的补助资金由省财政厅根据省国土厅和财政厅的项目计划直接分配。宅基地复垦的奖励资金则在工程完工后，由县、市的国土资源和财政部门进行联合初验，经过市级、省级的复验和审核后，由省财政厅与国土厅联合拨付奖励。
为推进农村土地综合整治示范项目的开展，规范项目资金管理，提高资金使用效益，根据《关于深入开展农村土地综合整治工作 扎实推进社会主义新农村建设的意见》（浙委办〔2010〕1号），按《浙江省财政农业专项资金管理办法》（浙财农〔2011〕6号）有关规定，结合实际，制定《浙江省农村土地综合整治示范项目和资金管理办法》。该《办法》于2012年2月2日由浙江省财政厅、浙江省国土资源厅以浙财农〔2012〕4号印发。《办法》分总则、项目管理、资金补助和管理、监督管理、附则5部分21条自公布之日后30日起执行。